Borrar, negar y destruir: Las estrategias chinas y occidentales para borrar el origen del COVID-19 están siendo desveladas por una investigación independiente

 

Por el Dr. Jonathan Latham y la Dra. Allison Wilson

independentsciencenews.org

La tarea de toda teoría sobre el origen del COVID-19 es la de explicar un brote en seres humanos en Wuhan, China, cuando los congéneres salvajes más cercanos del SARS-CoV-2 se encuentran muy lejos, a 1700 km al suroeste.

En público, los virólogos han tendido a decir que la proximidad del brote al Instituto de Virología de Wuhan, que se especializa de forma única en la recogida, estudio y mejora de los coronavirus relacionados con el SARS, es una coincidencia. En cambio, señalan al cercano mercado de marisco de Huanan como el probable lugar de contagio, aunque sea similar a otros miles de China.

Las autoridades chinas han descartado oficialmente el origen en el mercado de Huanan. Sin embargo, el 25 de febrero apareció un artículo redactado por George Gao, jefe de los CDC de China, y otros 38 virólogos chinos que parece querer zanjar la cuestión (Gao et al., 2022).

El artículo de Gao concluye, basándose en varias líneas de evidencia, incluida la falta de correlación entre las muestras positivas del virus y los puestos que vendían animales, que el mercado de Huanan fue simplemente un evento amplificador. Estos autores no especifican cómo creen que surgió el virus por primera vez, salvo para señalar que las muestras del virus notificadas en otros países son anteriores a su muestreo en el mercado de Huanan en varios meses. Esta conclusión coincide con las declaraciones del gobierno chino de que el SARS-CoV-2 procedía de fuera de China.

Apenas dieciséis horas después, el 26 de febrero, aparecieron simultáneamente dos artículos previos que contradicen directamente las conclusiones de Gao. Los autores principales de estos artículos complementarios son un conjunto de virólogos de muy alto perfil. Ninguno es de China.

Uno de estos artículos afirma, basándose en hisopos de superficie y otras muestras ambientales encontradas allí, que el mercado de Huanan fue el "epicentro inequívoco" de la pandemia (Worobey et al., 2022). El segundo sostiene que el SARS-CoV-2 surgió al menos dos veces en el mercado (Pekar et al., 2022). Según estos últimos autores, un contagio zoonótico creó lo que se conoce como los virus SARS-CoV-2 de linaje A y un segundo contagio fue la raíz de todos los virus SARS-CoV-2 de linaje B. Estos dos focos de contagio, dicen, contradicen decisivamente una filtración de laboratorio.

Muchos de los genomas del SARS-CoV-2 encontrados al principio del brote tienen una secuencia intermedia entre los linajes A y B. Anteriormente se suponía que estos intermedios indicaban un único brote en el que un linaje evolucionaba hacia el otro (Morel et al., 2021; Pipes et al., 2021). Pekar et al. proponen, en cambio, que dichos intermedios son todos artificiales (en su mayoría errores de secuenciación) o que son irrelevantes en cuanto al origen. Sin embargo, ambos artículos son evasivos en lo que respecta al tipo de animal implicado en sus teorías sobre los contagios.

Estas conclusiones contradictorias crean una dinámica interesante. Está claro que los virólogos chinos no apoyan la hipótesis del mercado. Por otro lado, los autores principales de Pekar et al. y Worobey et al. son destacados virólogos occidentales. Muchos, como Kristian Andersen, Robert Garry, Ed Holmes y Andrew Rambaut, son partidarios públicos de un origen zoonótico, y muy cercanos a Anthony Fauci, el director del NIAID.

Un aspecto de esta dinámica es la división Este/Oeste. Está claro que las dos facciones no cooperan. El otro tiene un enfoque radicalmente diferente. Los investigadores chinos afirman lo que creen que no ocurrió. En cambio, los virólogos occidentales, al formular una hipótesis explícita (excepto la del animal huésped), han apostado su credibilidad por una teoría concreta. El primer enfoque es de bajo riesgo; el segundo es de alto riesgo, ya que cualquier teoría específica es potencialmente vulnerable si aparecen nuevas pruebas que la refuten (como lo harían los casos anteriores probados); pero la recompensa ha sido una amplia atención mediática del tipo "La filtración del laboratorio ha muerto".

Una característica significativa de este episodio es la proximidad de los tres documentos. Si se necesitaran más pruebas de la falta de cooperación, parece obvio que los artículos de Worobey/Pekar fueron una cuestión de estrategia. Su aparición fue programada con precisión para acaparar los titulares que el artículo del CDC de China probablemente habría generado al descartar un origen en el mercado.

¿Consiguen Pekar y Worobey su objetivo?

Especialmente si se incluyen las nuevas pruebas de Gao et al., ya hay poderosas razones para dudar tanto del origen zoonótico en el mercado como de un doble contagio. Estas razones se pasan por alto en los artículos de Pekar y Worobey, por lo que merece la pena exponerlas brevemente:

1) Las muestras del mercado se tomaron probablemente tarde en el brote de Wuhan.

La primera razón, y la más sencilla, es que las muestras del mercado se tomaron entre el 1 de enero y el 30 de marzo de 2020. Sin embargo, las numerosas pruebas, como los artículos periodísticos coetáneos de un brote en Wuhan, implican que el SRAS-CoV-2 circulaba ampliamente en Wuhan y antes del 1 de enero. Tales pruebas hacen que sea difícil aceptar que las muestras del mercado, tan discutidas, tengan alguna relevancia especial sobre el origen del propio virus pandémico.

Por ejemplo, según la investigación de la OMS sobre el origen del COVID, hubo 174 hospitalizaciones por COVID-19 en Wuhan antes del 31 de diciembre de 2019. Dado el retraso normal entre la infección y la hospitalización y la importante tasa en la que COVID-19 da casos asintomáticos y leves, estas hospitalizaciones probablemente representaron sólo la punta de un gran brote infeccioso en diciembre.

De hecho, Ian Lipkin, epidemiólogo de la Universidad de Columbia, dijo a un entrevistador que sabía de un brote en Wuhan el 15 de diciembre de 2019. Lipkin ha confirmado posteriormente esta afirmación. Y en la primavera de 2020, Peter Daszak, presidente de la EcoHealth Alliance, Marjorie Pollack, epidemióloga que dirige ProMED, y el profesor de Salud Pública Lawrence Gostin hicieron declaraciones similares al LA Times. Un poco más atrás, según ABC News, las agencias de seguridad estadounidenses estaban siguiendo un brote de neumonía en Wuhan en noviembre.

La temprana y amplia propagación del virus en Wuhan se evidencia también en un detallado estudio de casos de una familia de Guangdong que visitó Wuhan entre el 29 de diciembre y el 4 de enero de 2020. Cinco de un total de seis miembros de la familia contrajeron COVID-19 durante su estancia en Wuhan, sin que hubieran visitado ningún mercado (Chan et al., 2020). Yendo más lejos, un importante conjunto de secuencias genómicas y anticuerpos sugiere que el SARS-CoV-2 estaba en Europa y otros países en el otoño de 2019, mucho antes de que se tomaran las muestras del mercado de Huanan (revisado en Canuti et al., 2022).

Si había miles de casos en la ciudad de Wuhan el 1 de enero, cuando el mercado estaba cerrado y 10.000 personas al día lo visitaban habitualmente, ¿cómo pueden las muestras tomadas entonces (o después) constituir una prueba creíble del origen en el mercado? Es muy probable que los vendedores y otras personas del mercado que tenían infecciones por COVID-19 fueran simplemente los que se daban en Wuhan en diciembre de 2019 (Courtier-Orgogoz y de Assis, 2022). Comunes o no, las muestras del mercado se recogieron demasiado tarde para distinguir un origen en el mercado de cualquier otro origen en o cerca de Wuhan.

2) Las muestras ambientales recogidas en el mercado son de origen humano y no proceden de animales vendidos allí.

El objetivo del documento del CDC chino era analizar las muestras ambientales (hisopos de superficies, etc.) que tomaron en el mercado de Huanan y sus alrededores después del 1 de enero de 2020 (Gao et al., 2022). Llegaron a la conclusión de que el mercado sólo fue un evento amplificador, en parte porque las muestras positivas al SARS-CoV-2 se asociaron a puestos pertenecientes a múltiples tipos de vendedores, incluidos los que no vendían animales (el artículo de Worobey sostiene que existe una correlación). Y lo que es más convincente, los autores de los CDC descubrieron que las muestras recogidas en el mercado, que Pekar y Worobey afirman que proceden de animales infectados, están mezcladas únicamente con material genético humano y no con material genético de perros mapache u otras especies potencialmente vendidas en el mercado. La única inferencia razonable es que estas muestras positivas no proceden de las heces, la orina o las exhalaciones de un animal no humano vivo. Pocos resultados indicarían mejor que las muestras de mercado positivas al virus proceden de seres humanos infectados y no de otras especies.

3) Pekar y Worobey se basan en un razonamiento circular para identificar la raíz de los virus.

El artículo de Pekar et al. de 2022 adapta los resultados de una publicación anterior (Pekar et al., 2021) para generar la nueva hipótesis de una filogenia dividida que remonta el SARS-CoV-2 a dos contagios independientes, ambos ocurridos en el mercado de Huanan. Estos dos brotes, afirman, están representados hoy en día por lo que se conoce como linaje A y linaje B de los virus, que difieren sólo en dos mutaciones. Sin embargo, los métodos filogenéticos utilizados para construir árboles evolutivos y, por lo tanto, identificar el virus raíz en ambos documentos de Pekar son muy problemáticos porque son vulnerables a un muestreo desigual y sesgado y a fenómenos genéticos inusuales, como los eventos de superdifusión (Liu et al., 2020). Un sesgo clave relevante aquí es que, para muchos de los primeros casos de COVID-19, el contacto con el mercado de Huanan era un requisito de diagnóstico (Liu et al., 2020). Esto tenderá a orientar las filogenias hacia el mercado. Además, Pekar et al. utilizan un algoritmo basado en el reloj que utiliza las fechas de muestreo para inferir el virus raíz. Este método está diseñado para canalizar la elección del virus raíz hacia aquellos genomas muestreados más tempranamente. Si el mercado fue el foco de muestreo más temprano, que lo fue, entonces el método de Pekar para inferir la raíz se basa en dos formas independientes de razonamiento circular. Estos sesgos fueron amplificados por los autores de Pekar y Worobey, que decidieron ellos mismos, basándose en escasas pruebas, qué casos de pacientes contaban para el conjunto de datos y, a veces, cuáles eran sus fechas de inicio de la enfermedad. El efecto de esta intervención fue añadir aún más circularidad al proceso de selección de la raíz de los virus. Para determinar satisfactoriamente qué virus se acercan más al verdadero origen se requiere, en cambio, un método diferente, que sea explícitamente independiente de los sesgos de constatación y de la toma subjetiva de decisiones (Liu et al., 2020).

4) Pekar et al. carecen de pruebas de que haya habido dos episodios de dispersión.

Una afirmación clave del artículo de Pekar es su propuesta de que los virus del linaje A y del linaje B representan los descendientes de dos episodios independientes de propagación del SARS-CoV-2 (Pekar et al., 2022). Para prosperar, esta afirmación de la doble dispersión debe explicar por qué existen numerosas secuencias del genoma que son intermedias entre el linaje A y el linaje B. Para superar este desafío, Pekar et al. proponen que dichos intermedios son todos productos de errores de secuenciación o irrelevantes para la cuestión del origen por otras razones. Los errores de secuenciación son bastante comunes, pero Pekar et al. sólo los demuestran de forma convincente en una pequeña parte de los casos. Por ejemplo, para la mayoría de los productos de secuenciación que sugieren, se basan en una "comunicación personal" no verificable de un único científico (L. Chen) en China. Para argumentar la irrelevancia de otros, tienen que sugerir, por ejemplo, que dos genomas muestreados en febrero en Pekín son irrelevantes, como si las primeras secuencias no pudieran haberse extendido a otros lugares o persistir. En última instancia, su audaz sugerencia de que la filogenia del SARS-CoV-2 se explica mejor si se resuelve en dos focos independientes está muy poco respaldada por las pruebas.

El gran juego de la Virología

Pekar y Worobey no consiguen argumentar y, por lo tanto, es tentador desestimar su gran dependencia de datos poco convincentes, sus interpretaciones no cuidadosas, su selección y su razonamiento circular como simple ciencia de baja calidad. Pero, según nuestra experiencia, esto sería un error. La ciencia de mala calidad por parte de científicos por lo demás competentes, y a tal escala, suele ocurrir por una razón. Y, a la luz de la reunión, descrita por Katherine Eban de Vanity Fair, entre Jesse Bloom, Kristian Andersen, Anthony Fauci, Francis Collins y otros, que giró en torno a las secuencias eliminadas de las primeras muestras de pacientes, parece más claro que nunca cuál es esa razón.

La ciencia de pobre calidad se produce en la mayoría de los casos por razones simples y mundanas. Tal vez un campo de investigación se considera un reducto científico al que han acudido investigadores de segunda fila, o una tesis de investigación fue mal supervisada o no se completó. Si es así, es casi seguro que los resultados aparezcan en una revista de bajo perfil.

La otra clase de mala ciencia se ajusta a un patrón muy diferente. A veces ocurre que los responsables que controlan el dinero se comprometen con una teoría o un programa importante que luego se contradice con las pruebas que van apareciendo. Si, por razones políticas o financieras, no se puede corregir el rumbo de la política, será necesaria una justificación en una destacada revista científica para proporcionar, como podría decir el Vaticano, "orientación a los fieles".

Este tipo de publicaciones suelen contar con un número innecesario de autores, que en su mayoría son jefes de laboratorio y otros líderes científicos destacados; el artículo suele aparecer en una revista de máxima visibilidad, como Nature, Cell o Science, y los errores que contienen estos artículos (las justificaciones) nunca son errores, sino que están calculados a propósito. Un clásico de este género, que diseccionamos en detalle, fue la respuesta de los NIH al fracaso del proyecto del genoma humano para cumplir su promesa de explicar las enfermedades humanas no transmisibles, un problema que permanece hasta hoy (Manolio et al., 2009).

Obviamente, las teorías de filtración en el laboratorio son una de las principales preocupaciones de la comunidad de las enfermedades infecciosas, y la intención del NIAID de Fauci es hacer converger la opinión en torno a una hipótesis zoonótica semiplausible. Por supuesto, aún no sabemos en qué revistas aparecerán Pekar et al., 2022 y Worobey et al., 2022, pero sus precursores (Pekar et al., 2021 y Worobey, 2021) fueron publicados en Science. Antes de eso, el prototipo para todos los esfuerzos futuros fue The proximal origin of SARS-CoV-2, publicado en Nature Medicine (Andersen et al., 2020).

Al juntar todo esto, se puede ver que tanto los virólogos chinos como los occidentales persiguen la misma estrategia general, cuyo primer paso es ignorar, desacreditar, negar, borrar, destruir u ocultar de otra manera las primeras secuencias y muestras (Bloom, 2021; Canuti et al., 2022). Borrar, o no recoger, la información inicial tiene el efecto principal de disminuir la probabilidad de que se recupere el verdadero origen. En segundo lugar, el borrado también facilita que se fuercen las conclusiones preferidas sobre los datos que quedan. Por parte de China, eliminar o no recoger las primeras pruebas de un brote en Wuhan ayuda a situar la primera aparición documentada del virus fuera de China. En cambio, el objetivo de Occidente ha sido forzar una conclusión de propagación en el mercado desacreditando preferentemente las muestras y los casos que se produjeron antes del muestreo en el mercado y los que no tienen vínculos con el mercado (Pekar et al., 2021 y Worobey, 2021).

Estos objetivos estratégicos serían inviables sin la circularidad de los métodos filogenéticos estándar que se han discutido anteriormente, que son bastante conocidos por los iniciados (Liu et al., 2020; Kumar et al., 2021). Por lo tanto, la selección de muestras tempranas permite que los métodos filogenéticos basados en el tiempo, que son vulnerables a los sesgos de muestreo, proporcionen una raíz del virus predeterminada.

La mayor complicación, visible para todos después de la publicación de los artículos preliminares contradictorios de Gao, Pekar y Worobey, es que ha surgido un conflicto importante debido a los escenarios de origen divergentes a los que cada grupo intenta ajustar los hechos.

De lo anterior se deduce razonablemente que los principales virólogos de cada bando, y que están dirigiendo estos esfuerzos, sospechan fuertemente (o lo saben porque están sentados sobre las pruebas) que los primeros datos no exonerarían la investigación del virus en Wuhan, de lo contrario las mismas personas estarían buscando las primeras muestras con gran presteza, lo que claramente no está ocurriendo. Y podemos suponer que se trata de una filtración del laboratorio que se está encubriendo, ya que es la única preocupación que tanto los virólogos chinos como los occidentales podrían compartir de forma plausible.

Por lo tanto, hasta hace poco, la cuestión del origen del COVID-19 iba a convertirse en un simple tira y afloja entre el club de Gao en Oriente y el club de Fauci en Occidente. Lo que ninguno de ellos esperaba, sin embargo, era que surgiera un nuevo método filogenético capaz de desacreditar su cuidadoso cálculo.

Análisis del orden mutacional

Recientemente, se ha aplicado un método diferente a la cuestión del origen del SARS-CoV-2 (Kumar et al., 2021). Este método es nuevo en virología, pero se utiliza ampliamente en la investigación del cáncer (por ejemplo, Miura et al., 2018). Utilizándolo, Kumar, Pond y sus colegas pudieron inferir la existencia de cepas virales que son más antiguas (es decir, ancestros de) Wuhan-hu-1 (el genoma de referencia estándar del SARS-CoV-2) y las otras secuencias del mercado en al menos 3 mutaciones, lo cual es mucho.

Su innovador método se denomina Análisis de Orden Mutacional (MOA). El MOA es un avance importante respecto a los enfoques estándar, entre otras cosas porque no se basa en relojes (es decir, en el tiempo) para orientar (es decir, sesgar) los árboles evolutivos que produce. En cambio, utiliza únicamente los datos de la secuencia del genoma para deducir el virus progenitor. Por lo tanto, el MOA puede utilizarse para deshacer los sesgos conocidos, como los registros temporales, otros factores de confusión en el muestreo o incluso la destrucción sistemática de muestras.

Para entender la principal diferencia entre el MOA y el método filogenético utilizado por Pekar et al., consideremos un individuo teórico en Wuhan a finales de 2019 que contrajo un caso muy temprano de SARS-CoV-2 y que luego voló a un país lejano. Una vez allí, provocó un brote menor que duró sólo unas semanas o meses (no muy diferente a la familia de Guangdong mencionada anteriormente). Si por casualidad se secuenciara algún genoma de un caso posterior de este brote, esta información sería muy valiosa. Se trataría de un raro ejemplo de un genoma de un virus raíz (o muy cercano a él). A partir de este ejemplo hipotético podemos ver que incluso las secuencias que se producen tarde en una epidemia, o lejos de un presunto origen geográfico, pueden, en principio, conservar información crítica sobre ese origen.

Normalmente, el análisis filogenético del origen (incluyendo Pekar et al., 2021 y 2022 y Bloom, 2021) tiende a centrarse, a veces por completo, en las secuencias tempranas y en las que se encuentran en el lugar de origen del brote. Los genomas considerados de improbable relevancia para la cuestión del origen son ignorados. Por ejemplo, Pekar et al. 2022 realizaron su análisis sobre 787 genomas, con una fecha de corte del 14 de febrero de 2020. El MOA, sin embargo, puede utilizar todas las secuencias genómicas disponibles para construir una imagen de parentesco viral, sin discriminar. Si algún genoma viral del conjunto de datos constituye un aparente eslabón perdido entre dos virus, se insertará como parte del orden mutacional que se construye. Como el MOA utiliza un conjunto de datos muy grande, específicamente para capturar fenómenos singulares como el teorizado anteriormente, puede construir un árbol evolutivo mucho más preciso, mucho más detallado y mucho más robusto estadísticamente que los enfoques convencionales. Lo mejor de todo es que lo hace sin introducir ningún sesgo propio.

Por estas razones, el MOA es claramente un método superior. Su valor es especialmente grande para inferir los orígenes de los brotes en casos en los que, como el SARS-CoV-2, las primeras secuencias sean escasas y su recopilación esté sujeta a sesgos de muestreo.

El MOA contradice la teoría del doble foco de Pekar y Worobey

1) MOA identifica sólo un virus de origen.

A partir de casi 176.000 genomas de longitud completa, MOA fue capaz de descifrar un orden mutacional para los virus de origen, con una confianza estadística muy alta (Kumar et al., 2021). Sus resultados se resumen en la Fig. 1 (tomada de la Fig. 2 de Kumar et al., 2021).

 En general, tres de sus hallazgos contradicen claramente la teoría del origen dual:

1) Como se desprende de la Fig. 1, a diferencia de Pekar et al. (2022), MOA identifica un único virus raíz (μ1, arriba a la izquierda, es su primer mutante). Un solo virus raíz significa que la pandemia comenzó con un solo brote inicial. Un único evento de propagación es una observación crucial porque implica en gran medida que se ha producido una filtración en el laboratorio (ya que los científicos tienden a trabajar con cultivos puros); mientras que una evidencia equivalente de propagación múltiple y/o genéticamente diversa habría implicado una fuente natural. MOA también muestra que todos los virus del linaje B descienden de un virus del linaje A.

2) El virus raíz identificado por MOA es anterior a todos los virus raíz identificados por Pekar y Worobey.

El virus identificado por MOA como raíz está separado por múltiples mutaciones de cualquiera de los genomas virales encontrados en el mercado de Huanan y de Wuhan-hu-1. Esto infiere que todas las muestras conocidas del mercado están muy por detrás del paciente cero. Por lo tanto, como también concluyeron Gao et al., las muestras del mercado representan un evento de amplificación, como mucho.

La evolución tarda en producirse. Dado que las múltiples mutaciones se acumularon antes de los primeros casos confirmados, Kumar et al. calcularon que la propagación inicial (presumiblemente en Wuhan) se produjo en torno a finales de octubre/principios de noviembre, es decir, varios meses antes de que se tomaran las primeras muestras del mercado de Wuhan (el 1 de enero de 2020). Esta conclusión es, por tanto, coherente con la presencia de genomas de SARS-CoV-2 en Europa y en otros lugares en el otoño de 2019. También es coherente con la amplia propagación del virus en Wuhan antes de que se recogieran las muestras del mercado.

Muy recientemente, Kumar y sus colegas publicaron otro estudio preliminar (Caraballo-Ortiz et al., 2022). En él utilizan aún más datos (1 millón de genomas) y un método mejorado, al que llaman TopHap, para que sus conclusiones sean aún más sólidas. La adición de muchas más secuencias genómicas, incluyendo algunas muy cercanas a la raíz, confirma las conclusiones originales de un único virus raíz y de que el linaje B evolucionó a partir del linaje A. También les permitió hacer retroceder el virus raíz en una mutación más y esto hace retroceder aún más en el tiempo la fecha prevista de aparición del SARS-CoV-2, hasta septiembre de 2019.

Esta fecha de propagación en septiembre contradice aún más la fecha de Pekar y Worobey. Sin embargo, concuerda bien con un amplio conjunto de otros análisis filogenéticos y hace que los hallazgos de virus lejanos en Europa y otros lugares sean aún más plausibles (Mostefai et al., 2021; Schrago y Barzilai, 2021; Song et al., 2021; Xia, 2021).

3) El análisis de sólo los virus encontrados en China condicionó los resultados de los artículos de Pekar.

En sus análisis filogenéticos, los dos artículos de Pekar destacan por la selección de estrechos límites geográficos y temporales para sus conjuntos de datos. Aunque estas elecciones parecen, a primera vista, bastante razonables, como señalan Kumar et al. para Pekar et al., 2021, las elecciones determinan sus conclusiones finales. La exclusión de las secuencias obtenidas fuera de China (y también las muestreadas más de 4 meses después de diciembre) impidió a estos autores incluir la principal rama temprana que comenzó con v1 (véase la Fig. 1). El linaje v se muestreó por primera vez en EE.UU., pero es necesario para la correcta selección de un virus raíz (véase también Morel et al., 2021). En última instancia, la exclusión completa del linaje v debido al uso de cortes limitados es una razón clave por la que los dos enfoques llegaron a conclusiones divergentes (Kumar et al., 2021). En resumen, la contribución científica de Pekar et al. (2021 y 2022) es el despliegue de franjas de corte estrechas para la adquisición de datos con el fin de lograr el equivalente filogenético del p-hacking [N.del T: El p-hacking se refiere a la práctica de manipular los datos hasta que el resultado pase el umbral del error estadístico].

Si Pekar y Worobey están equivocados, ¿tienen razón Gao et al.?

El método MOA sólo es algo más favorable a las conclusiones sobre el origen de Gao et al.

Aunque el MOA apoya que el mercado sea un lugar secundario, contradice la idea de un origen del virus fuera de China. Gao y otros apuntan a las pruebas de casos muy tempranos fuera de China y dan a entender que uno de ellos fue la fuente principal. Sin embargo, del análisis de Kumar et al. se desprende que en Wuhan y en China es donde se produce la diversidad genética en torno a la raíz. En otras palabras, es poco probable que el virus haya surgido en Italia (o en otro lugar) a finales de 2019 y se haya propagado a Wuhan. Es mucho más probable que se haya expandido en Wuhan y se haya diseminado en Italia.

La hipótesis de un origen zoonótico a la luz del MOA

Anteriormente hemos descrito siete defectos importantes en la hipótesis de un doble contagio en el mercado. La mayoría de estas críticas se aplican a cualquier hipótesis de contagio en el mercado de Huanan, pero es notable que los hallazgos de MOA de Kumar, Pond y sus colegas hagan avanzar la crítica de forma muy significativa. Sus dos trabajos representan, por tanto, importantes hitos en el estudio del origen del COVID-19 (Kumar et al., 2021; Caraballo-Ortiz et al., 2022).

Merece la pena recordar los puntos clave: La abundante información sobre una epidemia en Wuhan mucho antes de que se tomaran las muestras del mercado de Huanan; que las muestras del mercado que contenían SARS-CoV-2 estaban mezcladas con ARN humano y no con ARN animal; el razonamiento circular del método filogenético de Pekar et al.; la falta de respaldo para descartar los virus intermedios entre los linajes A y B; la superioridad metodológica del método MOA, que identifica una raíz única y significativamente anterior; y, por último, la dependencia del árbol evolutivo de Pekar de ignorar las secuencias de SARS-CoV-2 recogidas tardíamente o fuera de China.

También hay que tener en cuenta el contexto más amplio. En caso de que sea necesario reiterarlo, todavía no hay pruebas de que los animales salvajes o de granja se hayan infectado con el SARS-CoV-2 en China, ni antes, ni durante, ni desde que estalló la pandemia. Además, los teóricos de la zoonosis han sido muy reacios a especificar una especie animal candidata clara como huésped intermedio. Esto parece deberse a que es difícil construir un buen caso para cualquiera de ellos. En tercer lugar, está la naturaleza poco destacable, para los estándares chinos, del mercado de Huanan. ¿Por qué Wuhan? Es una pregunta que sigue sin respuesta por parte de las teorías zoonóticas naturales.

En resumen, no es razonable afirmar que el mercado de Huanan fuera el "epicentro inequívoco" de la pandemia (Worobey et al., 2022). Tal certeza es científicamente injustificada y sólo sirve para dar la apariencia de una operación de falsa bandera.

Esta impresión se ve reforzada porque ni Gao, ni Pekar, ni Worobey, discuten nunca la existencia del Instituto de Virología de Wuhan (WIV) y la obvia hipótesis alternativa que saben que va unida a él. El WIV se encuentra a pocos kilómetros del mercado y, según sus financiadores estadounidenses y las personas que trabajan en él, está especializado en la recogida y el estudio y mejora de los coronavirus relacionados con el SARS (Latinne et al., 2020). Durante décadas, uno de los principales objetivos de su investigación ha sido identificar o crear otros preparados para el contagio humano (por ejemplo, Li et al., 2019).

MOA, una mina de oro de información sobre el origen de la pandemia

Los dos trabajos de MOA/TopHap proporcionan, con mucho, el candidato más fuerte hasta ahora para un virus raíz y detallan su evolución posterior (Caraballo-Ortiz et al., 2022; Kumar et al., 2021). En consecuencia, tienen aún más que decirnos, porque el rastreo preciso es inestimable para comprender otros aspectos clave del origen de cualquier virus.

Una pregunta clave que hay que hacer a cualquier hipótesis de origen zoonótico es si el virus raíz podría infectar a posibles huéspedes intermedios, como el perro mapache sugerido por Pekar y Worobey. Para responder a esta pregunta hay que saber con precisión cuáles eran esas primeras cepas. Estas pruebas pueden ser muy equívocas si se realizan con cepas del virus de una época muy posterior de la pandemia, ya que las variantes del SARS-CoV-2 tienen rangos de huéspedes mamíferos distintos (Montaguteli et al., 2021; Gu et al., 2020). En particular, debería preocupar a los teóricos del origen el hecho de que la única evidencia de que el SARS-CoV-2 infecta a los perros mapache proviene de una cepa posterior (D614G) (Freuling et al., 2021).

Un segundo beneficio del rastreo preciso es probablemente el más significativo de todos. Se desprende del hecho de que los virus raíz pueden mostrar cuáles fueron los pasos iniciales de adaptación del SARS-CoV-2 a los humanos, si es que los hubo.

Por ejemplo, la filogenia del MOA indica (aunque esto no puede verse en la Fig. 1) que incluso las primeras cepas del virus, anteriores a las muestras del mercado, persistieron sin cambios durante mucho tiempo en la pandemia. Esta es una observación muy importante. Muestra que, a pesar de las mejoras posteriores en su aptitud, el SARS-CoV-2 estaba muy bien adaptado a los humanos en septiembre u octubre y, por lo que podemos decir, desde el principio.

Corroborando esto, las primeras cepas sólo se diferencian por mutaciones sinónimas (ver, por ejemplo, los mutantes μ1-3 en la Fig. 1). Las mutaciones sinónimas (a diferencia de las no sinónimas) son sólo cambios de nucleótidos; es decir, no alteran la secuencia de aminoácidos y, por tanto, suelen tener un efecto nulo en la aptitud del virus.

(Nota: Para cada mutante, la Fig.1 muestra los cambios de nucleótidos (>) o de aminoácidos (>). Los nucleótidos están representados por las letras A, C, G o U y los cambios en éstos representan mutaciones sinónimas; las otras letras representan el sistema de notación estándar de aminoácidos y estas letras indican, por tanto, mutaciones no sinónimas).

A partir de la naturaleza sinónima de las primeras mutaciones, los autores concluyeron que estos primeros virus

"ya poseían el repertorio de secuencias proteicas necesarias para infectar, propagar y persistir en la población humana mundial" (Kumar et al., 2021).

Además, muchos descendientes inmediatos de estos virus a menudo también contenían sólo mutaciones sinónimas y, sin embargo, estas cepas a menudo se volvieron abundantes. De hecho, estos genomas apenas alterados se encontraron "en todos los continentes muestreados" (Kumar et al., 2021).

De nuevo, esto implica la misma conclusión. Se mire como se mire, es evidente que incluso los primeros virus no sólo estaban altamente adaptados a los humanos, sino que eran capaces, sin alteraciones, de causar una pandemia.

Este es un resultado sumamente informativo. La cuestión de si el SARS-CoV-2 estaba altamente adaptado a los humanos (y, por tanto, presumiblemente preadaptado) ha sido objeto de una acalorada disputa casi desde el comienzo de la pandemia (Zhan et al., 2020). Pero la filogenia del MOA proporciona, con mucho, la prueba más decisiva de que efectivamente lo estaba.

Leer en su filogenia un poco más allá da aún más apoyo a la preadaptación. No fue hasta la octava mutación cuando surgió una (β2 en la Fig. 1) que posteriormente se ha demostrado que aumenta la aptitud del virus en humanos (Dearlove et al., 2020; van Dorp et al., 2020). β2 es la conocida mutación D614G, identificada por primera vez en Wuhan a finales de enero. Para entonces, la pandemia ya estaba muy avanzada.

La única otra mutación en la Fig.1 que se volvió abundante durante la pandemia fue su predecesora inmediata, β1. β1 es una mutación sinónima (de nuevo) que probablemente lo hizo a través de D614G (Dearlove et al., 2020).

El significado de este patrón es indicar que, aunque se produjeron cambios de aminoácidos, incluso las mutaciones no sinónimas agrupadas en la raíz fueron selectivamente neutras. Es decir, también surgieron al azar y no porque confirieran alguna ventaja al virus. Esto refuerza de nuevo la idea de que el virus estuvo bajo poca presión para adaptarse durante su propagación temprana en Wuhan.

No es en absoluto normal que un virus entre en una nueva población huésped sin evolucionar también rápidamente para adaptarse a ella. Así, el primer coronavirus del SARS (SARS-CoV) sufrió cambios de aminoácidos durante su propagación temprana en humanos (Zhan et al., 2020). La norma alternativa es que el virus no se adapte en absoluto a su nuevo huésped, como ha ocurrido hasta ahora con cada una de las numerosas introducciones en humanos del coronavirus MERS (Dudas et al., 2018).

Admitiendo que el SARS-CoV-2 estaba preadaptado, algunos han argumentado que el SARS-CoV-2 es un virus "generalista" (Frutos et al., 2020). Parece que hay muy pocas pruebas de ello. El SARS-CoV-2 no infecta a la mayoría de las especies de mamíferos (Kock y Caceres-Escobar, 2022). Puede ser transmitido activamente por muchas menos especies todavía y, cuando esas pocas transmiten el virus, se producen mutaciones adaptativas (Gu et al., 2021; Sawatzki et al., 2021; Tan et al., 2022). En resumen, el SARS-CoV-2 no ha demostrado estar preadaptado a ninguna especie de huésped mamífero probada hasta ahora (excepto los seres humanos), por lo que no presenta ninguna de las características de un virus generalista.

La preadaptación del SARS-CoV-2 implica una filtración de laboratorio. Pero también implica una filtración de un tipo específico de virus; uno que no está simplemente adaptado a las células humanas, sino a la transmisión entre humanos enteros e intactos. Sólo una teoría de cómo surgió el SARS-CoV-2 se ajusta a esta descripción. Es la teoría del foco de los mineros de Mojiang.

¿Dónde se encuentra ahora la investigación sobre el origen?

Las principales instituciones, principalmente la EcoHealth Alliance, los NIH y el WIV, poseen grandes cantidades de información que podrían probar o refutar una filtración de laboratorio. Todas afirman su transparencia y responsabilidad, pero, en la práctica, cada una de ellas ha negado numerosas solicitudes de documentos y otros datos. Si uno sólo escuchara sus palabras, pensaría que quieren encontrar los orígenes de COVID-19, pero sus acciones hablan más fuerte. Por tanto, los avances dependerán probablemente de iniciativas independientes.

Cuando Jesse Bloom recuperó ingeniosamente de la nube secuencias tempranas del SARS-CoV-2 previamente eliminadas y, por tanto, recuperó una nueva cepa temprana del virus (Bloom, 2021), el virólogo Rasmus Nielsen dijo que esta información era:

"el dato más importante que hemos recibido sobre los orígenes del COVID-19 desde hace más de un año".

Nielsen demostró estar en lo cierto, ya que el descubrimiento de Bloom ha sido crucial para mejorar el linaje de Kumar y sus colegas (Caraballo-Ortiz, et al., 2022).

El excepcional valor de investigación de estas primeras secuencias indica también el punto de referencia científico apropiado para juzgar a quienes borran o retienen tales pruebas. La historia está llena de ironías, pero no muchas superan el espectáculo de científicos prominentes, cuyas carreras se financian públicamente con la promesa de identificar las causas de las enfermedades infecciosas, que no quieren que otros conozcan la causa de la pandemia de COVID-19. Al fin y al cabo, ¿por qué instituciones públicas como los NIH, el NIAID, la USAID y el Departamento de Defensa, que han regado de dinero a la Alianza Ecosanitaria, supuestamente para prevenir pandemias, no financiaron la investigación generalizada de las primeras infecciones por el SARS-CoV-2 al principio de la pandemia?

Teniendo en cuenta este bloqueo, incluso en esta fecha tan tardía, probablemente la forma más sencilla y útil de avanzar en la búsqueda científica del origen del SARS-CoV-2 sería localizar y analizar más muestras de los primeros momentos del brote, de cualquier país, sea cual sea (Basavaraju et al., 2021; Montomoli et al; 2021; Canuti et al., 2022). Las investigaciones preliminares sugieren que existe una plétora de muestras clínicas y ambientales adecuadas en colecciones de muestras y bases de datos civiles y también militares, y que las búsquedas de secuencias tempranas probablemente sean fructíferas (Canuti et al. 2022, Paixao et al. 2022, Althoff et al. 2021; Chapleau et al. 2021; Lednicky et al. 2021; Basavaraju et al. 2021; Chen et al. 2020).

El otro punto de referencia necesario es el ético. El Dr. Tedros, de la OMS, ha calificado la investigación del origen de la pandemia como "una obligación moral". Nosotros iríamos más allá. Aunque no hay ninguna ley que prohíba obstruir la investigación sobre el origen, debería considerarse un crimen contra toda la humanidad hacer más probable que un acontecimiento que ha provocado millones de muertes y una miseria incalculable se repita porque nunca hemos encontrado su causa (Relman, 2020).

Referencias

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