La teoría de Fauci sobre el origen del SARS-CoV-2 frente a la de su propagación a través de los mineros de Mojiang
Por el Dr. Jonathan Latham, 23 de mayo de 2022
El 1 de febrero de 2020, Anthony Fauci, director del Instituto Nacional de Alergias y Enfermedades Infecciosas (NIAID) de Estados Unidos, convocó en secreto a un selecto grupo de virólogos internacionales. Su tarea consistía en decidir si el SARS-CoV-2, el virus recién aparecido en Wuhan, había sido el resultado de una manipulación genética.
Recientemente se han hecho públicos algunos correos electrónicos clave de sus debates. En uno de ellos, Robert Garry, virólogo de la Universidad de Tulane, escribía a sus colaboradores: "No puedo entender cómo puede conseguirse esto en la naturaleza... es asombroso". Otros correos electrónicos muestran que muchos en el grupo estaban de acuerdo en que el virus probablemente no surgió de forma natural y que lo más probable es que fuera alterado en un laboratorio.
Muchos meses después, en agosto de 2020, Francis Collins, director de los Institutos Nacionales de Salud de EE.UU., envió un correo electrónico a su predecesor, el virólogo Nobel Howard Varmus. Copiando a Anthony Fauci, Collins requería sus opiniones sobre una hipótesis específica de filtración en el laboratorio, nuestra teoría de la propagación a través de los mineros de Mojiang.
Junto con el proyecto DEFUSE, una colaboración entre EE.UU. y China que proponía utilizar la financiación de defensa de EE.UU. para recoger coronavirus en China y darles zonas de corte de las proteínas "humanizadas" para aumentar su patogenicidad, estas revelaciones son muy significativas. Nos dicen que, incluso al principio, muchos virólogos, incluido el grupo de Fauci, consideraban en privado que una filtración en laboratorio de un coronavirus salvaje manipulado era plausible y algunos lo consideraban probable.
Es llamativo descubrir que, inmediatamente después de sus discusiones, muchos del grupo de Fauci lideraron intensos esfuerzos para ahogar y denigrar cualquier especulación de filtración en el laboratorio, tanto en los medios de comunicación como en una serie de publicaciones científicas posteriores (Andersen et al., 2020; Holmes et al., 2021; Worobey et al., 2022; Pekar et al., 2022; Holmes, 2022) .
Este artículo disecciona algunos de estos esfuerzos por crear un ambiente intelectualmente envenenado en torno al origen del virus. En concreto, trata de cómo, en medio de las complicaciones y confusiones de la información científica emergente y de las revelaciones periodísticas, este grupo de iniciados de Fauci ha intentado cínica y estratégicamente descartar una teoría específica del origen del COVID-19, la teoría de la propagación desde los mineros de Mojiang. Esta actitud negativa, como demostraré criticando las opiniones que expresan, encierra una paradoja. Ha surgido no porque consideren que la teoría es defectuosa, sino precisamente porque es una explicación muy viable y concisa de la aparición del SARS-CoV-2.
Control de la reputación científica: la estrategia
En medio del desafío que supone la clara desaprobación oficial de cualquier debate sobre las filtraciones de laboratorio, sólo en contadas ocasiones algún virólogo se ha mostrado dispuesto a discutir públicamente los méritos científicos detallados de las diferentes teorías sobre las filtraciones de laboratorio.
En cambio, aunque hoy en día se paga a los científicos universitarios para que "comuniquen la ciencia", los virólogos con experiencia en la cuestión del origen del COVID-19 se han hecho famosos en la plataforma de medios sociales Twitter por bloquear a cualquier persona, incluidos los científicos, que participe en debates sobre las filtraciones de laboratorio.
En respuesta, cuentas de Twitter burlonas como BlockedByAVirologist han documentado esta obstrucción del debate científico. Nuestra propia cuenta (@BioSRP), por ejemplo, ha sido bloqueada por los destacados virólogos Peter Daszak, Eddie Holmes, Kristian Andersen y Angela Rasmussen. Dado que nuestra "ofensa" fue simplemente llamar la atención de forma educada sobre los datos científicos que apoyan una filtración de laboratorio, parece que este ataque está coordinado y dirigido tácticamente a cualquiera que discuta públicamente alternativas científicas a un origen zoonótico natural.
Esto debería ser poco sorprendente desde el punto de vista estratégico. Es una estrategia de relaciones públicas ortodoxa que los defensores de un claro favorito (es decir, una zoonosis natural) no reconozcan públicamente a un rival menos conocido, en este caso una filtración de laboratorio. La lógica es que el reconocimiento sólo valida a ese rival y le ofrece publicidad gratuita.
Con algunas excepciones notables, la comunidad virológica ha adoptado este principio incluso en sus escritos científicos. Apenas unos días después de reunirse por primera vez, cinco miembros del grupo de Fauci presentaron para su publicación un artículo titulado "El origen proximal del SARS-CoV-2" (Andersen et al., 2020). Este artículo se publicó rápidamente. Descartó categóricamente una filtración del laboratorio de Wuhan como una posibilidad creíble.
Aunque ni siquiera se trata de un artículo científico completo (es un artículo de "correspondencia") y sus principales conclusiones eran prematuras y algunas erróneas, esta evaluación tiene sin embargo 4453 citas (y sigue aumentando). Por el contrario, las hipótesis publicadas sobre los orígenes de COVID que incorporan una filtración de laboratorio tienen todas muy pocas citas. Por ejemplo, el artículo de revisión altamente creíble "¿Podría el SARS-CoV-2 haberse propagado a través de un huésped animal o un cultivo celular?" tiene sólo 21 citas (Sirotkin y Sirotkin, 2020).
Un ejemplo más reciente de este rechazo científico es el artículo " Los orígenes del SARS-CoV-2: una revisión crítica", publicado en septiembre de 2021 (Holmes et al., 2021). A pesar de afirmar que presentan una "revisión crítica", los autores, muchos de ellos procedentes una vez más del grupo Fauci, no describen fehacientemente ninguna hipótesis de filtración de laboratorio; ni citan ni un solo artículo científico o teoría que hipoteque una (por ejemplo, Segreto y Deigin 2020; Sirotkin y Sirotkin, 2020; Rahalkar y Bahulikar, 2020; Speciale, 2020; Kaina, 2021). Al parecer, se espera que sus lectores adivinen lo que podría haber supuesto una filtración en el laboratorio.
No citar las teorías de la competencia o los trabajos anteriores es una transgresión básica de la ética académica. Por un lado, los fallos de citación son elementales, pero el autor del poema: "Oh, qué red tan enmarañada tejemos/Cuando primero practicamos el engaño" no se equivocaba. Los fallos de citación a escala implican una amplia red de revisores, editores y revistas. Es una señal clave de que los virólogos, como profesión, prefieren defender la arriesgada investigación de virus y los millones de dólares en dinero de biodefensa y bioseguridad que les reporta, que defender los valores profesados por la ciencia de rigor, apertura y responsabilidad.
Por estas razones, el abandono de esta estrategia de evasión por parte de un líder del grupo Fauci debería ser tratado como un acontecimiento relevante.
Andrew Rambaut ataca la teoría de la propagación a partir de los mineros de Mojiang
A mediados de octubre de 2021, en la plataforma de medios sociales Twitter, el virólogo Andrew Rambaut, profesor de Ecología Evolutiva de la Universidad de Edimburgo (Escocia), hizo una intervención inusual. Criticó explícitamente una teoría de filtración de laboratorio sobre el origen del SARS-CoV-2 llamada teoría de la propagación a través de los mineros de Mojiang (la teoría MMP [por sus siglas en inglés]).
La teoría MMP, concebida por la bióloga Allison Wilson y por mí, propone que el virus SARS-CoV-2 deriva de uno de los seis mineros chinos infectados durante un brote de la enfermedad en 2012. Los seis mineros, que habían estado recogiendo guano de murciélago, desarrollaron síntomas muy parecidos a los del COVID-19 (Rahalkar y Bahulikar, 2020). Tres de los seis mineros murieron y dos sufrieron infecciones crónicas que duraron más de cinco meses.
Oficialmente, el brote sigue sin explicación. Sin embargo, las muestras médicas obtenidas de estos mineros se enviaron al Instituto de Virología de Wuhan (WIV), donde fueron analizadas por el grupo de investigación de coronavirus de la Dra. Zheng-li Shi. Según tres fuentes, estas investigaciones indicaron que los mineros estaban infectados por un nuevo coronavirus. Un control posterior en la misma mina descubrió numerosos coronavirus de murciélagos, incluido el RaTG13, que está muy relacionado con el SARS-CoV-2 (Ge et al., 2016; Zhou P. et al., 2020).
Basándonos en estas observaciones, hemos propuesto que los investigadores del WIV aislaron un coronavirus de las muestras tomadas de al menos uno de los mineros enfermos y que este coronavirus fue estudiado y quizás manipulado genéticamente allí. Además, propusimos que, debido a su larga incubación en el interior de un minero hospitalizado, este virus habría evolucionado hasta convertirse en un virus altamente adaptado al ser humano. Propusimos que este virus adaptado a los seres humanos fue el que se propagó en Wuhan.
El hecho de que Rambaut critique directamente la teoría del MMP es significativo a varios niveles.
En primer lugar, la postura de los virólogos de ignorar públicamente los detalles de las filtraciones de los laboratorios significa que sólo tenemos una idea imperfecta y superficial, adornada por correos electrónicos ocasionales pero desactualizados revelados a través de la FOIA, (y más recientemente a través de las solicitudes del Congreso) de lo que los virólogos más importantes (y de hecho la mayoría) piensan realmente sobre el origen del SARS-CoV-2 y por qué.
Esta falta se aplica especialmente a la teoría de la propagación a partir de los mineros de Mojiang (teoría MMP). A diferencia de las teorías de filtración de laboratorio que explican el SARS-CoV-2 como el producto de la ingeniería genética u otras técnicas de laboratorio, la teoría MMP es en gran medida de naturaleza biológica. Su evaluación se basa en gran medida en la estimación de la plausibilidad de procesos naturales como la infección, la recombinación y la evolución de los virus dentro del cuerpo de un minero hospitalizado. En cambio, la estimación de la verosimilitud de la manipulación en el laboratorio recurre mucho más a las pruebas escritas procedentes de subvenciones, correos electrónicos, charlas y publicaciones. El efecto de esta diferencia es que es considerablemente más difícil para los no expertos evaluar de forma independiente la plausibilidad de la teoría de la MMP de lo que es para ellos hacer lo mismo con otros escenarios de filtraciones de laboratorio. De ahí que la evaluación de las opiniones de los expertos sea especialmente crítica.
Por esta razón, acogimos con satisfacción la oportunidad de debatir (aunque sólo sea en Twitter) los méritos de la MMP con un crítico bien informado, y Andrew Rambaut es uno especialmente destacado y bien relacionado. Sólo desde que comenzó la pandemia, ha acumulado más de 40.000 citas (según Google Scholar) por su investigación sobre el coronavirus, lo que le convierte en uno de los científicos más citados del mundo. Además, Rambaut es uno de los fundadores de un consorcio de investigación sobre virus llamado ARTIC Network y dirige un popular sitio web sobre virología. También es miembro fundador del grupo consultivo SAGE del gobierno británico sobre la pandemia.
En particular, Rambaut es uno de los principales defensores del origen natural del SARS-CoV-2. Consiguió este estatus muy pronto en la pandemia como coautor del enormemente influyente " El origen proximal del SARS-CoV", mencionado anteriormente. Esta evaluación fue fundamental para disipar las preocupaciones iniciales sobre una filtración de laboratorio (pero véase también su coautoría en Holmes et al., 2021 y Pekar et al., 2022). Y quizás lo más significativo de todo es que Rambaut formó parte del pequeño grupo convocado por el Dr. Fauci.
Por lo tanto, Rambaut es uno de los científicos más significativos de la pandemia. Podría decirse que es preeminente entre los virólogos de la evolución. Por lo tanto, por múltiples razones, sus opiniones sobre el origen de COVID-19 y la teoría de la MMP son de excepcional interés.
Comienza un debate en Twitter
Este es el argumento que eligió Andrew Rambaut, el 18 de octubre de 2021:
“No importa lo rápido que haya evolucionado, no se pasa de uno de estos virus de murciélago a SARS-CoV-2 por descendencia directa, propagación, infecciones crónicas o lo que sea por filogenética. Ver hilo para más detalles”
“La idea de que el SARS-COV-2 evolucionó de (desciende de) RaTG13 (o de un virus muy similar) es rechazada por los datos del genoma. Hay más de 1.100 diferencias de nucleótidos, pero no es tan sencillo como plantear una tasa de evolución elevada de un orden de magnitud”
Este tuit del 18 de octubre es directo y rotundo. Transmite la impresión de que su autor tiene un argumento de peso. Como también puede verse en la captura de pantalla, repite y amplía un tuit anterior del 11 de octubre. Ese tuit del 11 de octubre citaba la cuenta @BioSRP, que yo administro.
El primer punto a destacar de estos tuits es el aparente desencadenante, que puede explicar por qué Rambaut rompió filas para atacar nuestra teoría.
En sus dos tuits, Rambaut aludía a la "elevada tasa de evolución" observada en las "infecciones crónicas". Esto se refiere a un fascinante pero también alarmante descubrimiento científico reciente, sobre el que acababa de hablar en un taller sobre los orígenes del SARS-CoV-2 organizado por la revista British Medical. Este descubrimiento, que bien podría ser la clave del futuro de la pandemia, ha sido muy discutido por los expertos, pero casi siempre fuera de la vista del público.
La observación básica es que, con la excepción de Delta, casi todas las nuevas variantes dignas de ser nombradas por la OMS, incluidas Alpha (del Reino Unido), Beta (de Sudáfrica), Gamma (de Brasil), Mu (de Colombia) y, más recientemente, Omicron, han surgido según un patrón consistente pero totalmente inesperado (véase, por ejemplo, Faria et al., 2021).
Las variantes virales se denominan así porque contienen un gran número de mutaciones, muchas de las cuales son únicas para cada una de ellas. Esto las convierte en valores atípicos radicales de la población más amplia de virus. En segundo lugar, son extremadamente eficaces, es decir, están notablemente bien adaptados a sus huéspedes humanos. En tercer lugar, y lo más sorprendente, sus parientes más cercanos conocidos no son, como cabría suponer, otras cepas coetáneas del SARS-CoV-2, sino virus que se extinguieron muchos meses (o incluso años) antes. La variante Alfa, por ejemplo, surgió en septiembre de 2020, a partir de un virus visto previamente en abril de 2020; Omicron surgió en noviembre de 2021 a partir de un virus visto por última vez en mayo de 2020 (Hill et al., 2022). Por lo tanto, cada variante está hiperadaptada pero simultáneamente es un retroceso genético (Stern et al., 2021; Martin et al., 2022).
Esto puede verse en la figura 2. Está adaptada de Laiton-Donato et al., que caracterizaron en detalle la variante conocida como Mu (B.1.621). Su figura también incluye las variantes Alfa (B.1.1.7), Beta (B.1.427) y Gamma (P.1.). La inusual evolución de todas estas variantes está señalada por la línea excepcionalmente larga y sin ramificaciones que conduce a cada variante y que emana del centro del gráfico (que es el origen del virus). En esta figura, dado que un punto representa un evento de muestreo, las líneas largas entre los puntos muestran una evolución rápida y la falta de ramificación indica aislamiento genético.
Una de las propuestas es que las nuevas variantes se originan en poblaciones humanas aisladas epidemiológicamente (o al menos ocultas a los proyectos de secuenciación). Otros han sugerido que el virus se extendió a otra especie (como el ratón) donde evolucionaron durante un largo periodo antes de saltar de nuevo a los humanos (Martin et al., 2022; Hill et al., 2022).
Pero la explicación preferida de la mayoría de los virólogos, incluido Rambaut, es que estas variantes han surgido de individuos infectados crónicamente que estaban hospitalizados o inmunodeprimidos (Hill et al., 2022). Se teoriza que estos individuos adquirieron las infecciones de SARS-CoV-2 al principio de la pandemia y, en su estado vulnerable, no pudieron erradicar el virus. La larga incubación en el interior de un único paciente infectado permitió que la evolución se produjera a un ritmo inusualmente rápido, lo que condujo finalmente a la aparición de versiones radicalmente diferentes del SARS-CoV-2. Finalmente, estos pacientes transmitieron su nuevo virus, alimentando así la propagación global de una nueva variante.
Esta idea está fuertemente apoyada por múltiples publicaciones que describen pacientes con infecciones crónicas de SARS-CoV-2 que acumulan un gran número de mutaciones adaptativas (Avanzato et al., 2020; Kemp et al., 2021; Choi et al., 2020; Corey et al., 2021; Truong et al., 2021).
Esta teoría de la infección crónica explica cómo las nuevas variantes pueden ser tan diferentes de las cepas que circulan en la actualidad y, al mismo tiempo, tener tanto éxito, sobre todo en la evasión de la inmunidad, y, sin embargo, no ser detectadas durante meses o años a pesar del muestreo masivo y la secuenciación del genoma.
Para nosotros, las pruebas que se están acumulando sobre la evolución acelerada en pacientes infectados crónicamente tienen una importancia adicional. Cuando propusimos por primera vez, como parte de la teoría de la MMP, que las infecciones crónicas por coronavirus de los mineros facilitaron un gran salto evolutivo en el que un virus (o virus) de murciélago evolucionó hasta convertirse en uno humano, algunos virólogos afirmaron que una evolución tan rápida, que quizás abarcara muchos cientos de nucleótidos, era inverosímil dentro de un solo individuo.
La aparición de Alpha, Omicron y otras variantes significa que la aparición del SARS-CoV-2 en un solo minero infectado crónicamente ya no puede descartarse por falta de plausibilidad evolutiva.
Si nuestra teoría de la MMP es correcta, el mismo fenómeno biológico que crea la mayoría de las variantes, también creó el propio virus.
De ahí también la preocupación de Rambaut, como autor principal de trabajos que identifican y analizan estas nuevas variantes, sobre la teoría MMP (por ejemplo, Hill et al., 2022).
¿Por qué analizar un debate en Twitter?
A primera vista, diseccionar los argumentos de las redes sociales, incluso los de un científico de renombre, puede parecer de dudoso valor. Sin embargo, el examen del pensamiento de Rambaut, que fue elaborando a medida que debatíamos, resultó muy valioso.
En primer lugar, sus tweets son más que suficientes para exponer las profundas debilidades de sus argumentos. Rambaut tergiversó repetidamente nuestros puntos de vista y acabó criticándonos por posiciones que no mantenemos. Rambaut también nos criticó en puntos que, en última instancia, tienen poca importancia. Incluso si estuviéramos equivocados, la consecuencia sería insignificante. Por último, la expresión de Rambaut " por la filogenética " (véase el tweet de arriba) es palabrería infantil. Es una señal poco sutil, reiterada en algunos de sus tweets posteriores, para descartarnos como ingenuos científicos. Es una forma del clásico ataque ad hominem. Cuando no te gusta el mensaje, dispara al mensajero.
Estos errores no son sólo suyos. Otros han cometido errores similares. De hecho, en los medios de comunicación se han difundido muchas ideas erróneas, aparentemente intencionadas, sobre la mina y los mineros.
Sin embargo, los errores de Rambaut son singulares: Rambaut es claramente un científico muy competente y experimentado. Cualquier persona competente en posesión de un argumento poderoso no se molesta en desacreditar a los hombres de paja, criticar los detalles o recurrir a los ataques ad hominem. Su despliegue de tan dudosas tácticas sugiere fuertemente que Rambaut no tiene ningún argumento genuino contra la teoría de la MMP.
¿Será que la comunidad científica de la que es líder le ha ocultado sus mejores argumentos contra la teoría de la MMP? No es probable. Más probable, dado que nadie ha presentado todavía una refutación coherente de la teoría de la MMP, es que ninguno de los críticos de las filtraciones de laboratorio posee argumentos decisivos contra ella (Frutos et al., 2021). De ser cierto, esta es una observación muy relevante.
Rambaut tergiversa la teoría de la MMP
El segundo punto a tener en cuenta sobre los tweets anteriores es el considerable esfuerzo que se hizo para hacerlos, lo que resultó en un extenso hilo de tweets, incluyendo gráficos.
El tercero es que estos dos tuits iniciales describen erróneamente la teoría MMP. Basándose en esta caracterización errónea, Rambaut "desacredita" nuestro pensamiento: sugiere que es ridículo que afirmemos que el SARS-CoV-2 podría haber surgido directamente de RaTG13, el virus de murciélago similar al SARS-CoV-2 encontrado en la mina.
Estábamos fuera de Internet cuando Rambaut tuiteó esto por primera vez y, por tanto, no tuvimos oportunidad de responder.
Mientras tanto, esta "desacreditación" reunió más de cien retweets, muchos de ellos de virólogos profesionales. Sin embargo, después del segundo tuit, respondimos.
Aclaración del papel que desempeñó RaTG13 en la evolución del SARS-CoV-2
Identificado por primera vez en 2013, RaTG13 es un coronavirus de murciélago relacionado con el SARS que se encontró en la mina de Mojiang. Al principio de la pandemia, aunque difiere del SARS-CoV-2 en unos 1140 nucleótidos, era el coronavirus salvaje más estrechamente relacionado con el SARS-CoV-2 conocido (Ge et al., 2016; Zhou P. et al., 2020). Esta mayor similitud en comparación con cualquier otro coronavirus salvaje se mantuvo a lo largo de todo su genoma, que tiene casi 30.000 nucleótidos.
Sin embargo, desde que comenzó la pandemia, la búsqueda intensiva de otros coronavirus salvajes ha desenterrado otros 19 virus (la mayoría son de murciélagos, pero unos pocos son de pangolines de contrabando) que también están estrechamente relacionados con el SARS-CoV-2 (Zhou P. et al., 2020; Lam et al., 2020; Chan y Zhan 2020; Temmam et al., 2022; Murakami et al., 2021; Delaune et al., 2021; Wacharapluesadee et al., 2021; Zhou H. et al., 2021; Li L. et al., 2021). Junto con el SARS-CoV-2, estos virus forman un clado evolutivo distinto, a veces denominado clado nCoV (Lytras et al., 2021). Sólo uno de estos virus, BANAL-52, está más cerca de la similitud nucleotídica general con el SARS-CoV-2 que el RaTG13 (Temmam et al., 2022).
Los más recientes de estos parientes cercanos son siete virus de murciélago (dos son secuencias de virus incompletas) del norte de Laos (Temmam et al., 2022). Estos virus laosianos se denominan BANAL-27, BANAL-52, BANAL-103, BANAL-116, BANAL-236, BANAL-242 y BANAL-247.
Las comparaciones del genoma realizadas por estos últimos autores, de todos los miembros del clado nCoV, incluidos estos virus más nuevos, les permitieron estimar cuáles de estos 19 coronavirus salvajes tienen segmentos extensos de sus genomas que son estadísticamente más cercanos en secuencia al SARS-CoV-2 humano que los demás. Cinco de los 19 virus pueden afirmar claramente que son más cercanos en al menos un tramo de su genoma: BANAL-52, BANAL-103, RaTG13, y dos virus de S. Yunnan llamados RmYN02 y RpYN06 (véase Temmam et al., Figura 2). Independientemente de si uno se inclina por una filtración de laboratorio o por un origen natural, estos cinco virus representan colectivamente los ancestros más plausibles actualmente conocidos para la columna vertebral del SARS-CoV-2.
Un hallazgo clave de este trabajo es que el SARS-CoV-2 es, por tanto, un genoma en mosaico. Se creó a través de la recombinación genética y ningún virus conocido actualmente es su verdadero ancestro. Una segunda implicación es que los 19 miembros del clado tienen una historia igualmente compleja de recombinación reciente y antigua: todos son mosaicos. En retrospectiva, esto no es del todo sorprendente, dado que los coronavirus se recombinan con extrema facilidad (Makino et al., 1986).
Una tercera inferencia crucial de este análisis es que los cinco candidatos más plausibles para su progenitor provienen todos de murciélagos y de una región geográfica bastante pequeña que abarca el sur de Yunnan, en China, y su vecino, el norte de Laos. El eje más largo de esta región es de 500 km.
Esta concentración geográfica de todos sus parientes más cercanos es también de gran importancia para entender el origen del SARS-CoV-2. Significa que S. Yunnan/N. Laos, es donde un virus salvaje estrechamente relacionado con el SARS-CoV-2 probablemente salió (por cualquier medio) de su huésped murciélago. Suponiendo que no haya intervención humana, el salto desde un murciélago estableció el virus en una nueva especie de huésped (ya sea un huésped humano u otro animal) en su camino a convertirse en el propio SARS-CoV-2. Muy importante, esta región donde se produjo el salto inicial desde los murciélagos incluye la mina de Mojiang. Gran parte de esto se detalla en un artículo que escribimos, en agosto de 2021, sobre la filogeografía de los coronavirus de murciélagos recién descubiertos.
Como nuestro artículo de agosto de 2021 dejó muy claro, como consecuencia de estos nuevos datos, ni nosotros ni nadie más considera actualmente que el SARS-CoV-2 evolucionó a partir del RaTG13 "directamente" (es decir, que el RaTG13 sea el único progenitor).
Por lo tanto, mientras que los tweets de Rambaut, y más aún el hilo de abajo, implican que actualmente creemos que el SARS-CoV-2 desciende directamente de RaTG13, no es así. Por lo tanto, su supuesta refutación no es más que un ataque a un hombre de paja.
Para que conste, hace mucho tiempo, en julio de 2020, cuando elaboramos por primera vez nuestra teoría de la propagación a través de los mineros de Mojiang, propusimos que el RaTG13 era el ancestro directo ya que, en ese momento, era el pariente más cercano conocido y no había entonces ninguna evidencia clara de recombinación entre los virus. Pero también tuvimos cuidado de dejar espacio en el texto (en varios pasajes) para el posterior descubrimiento de virus más estrechamente relacionados con el SARS-CoV-2. Por ejemplo, señalamos que cualquier virus presente en la mina podría haber aportado material genético al SARS-CoV-2. También señalamos que, cuando se tomaron muestras de la mina después del brote, ésta contenía numerosos coronavirus y cualquiera de ellos (u otros no muestreados) podría haberse recombinado para contribuir a la evolución del SARS-CoV-2.
Y es posible que Rambaut haya olvidado que, apenas dos semanas después de que apareciera nuestra propuesta de la MMP (en julio de 2020), él mismo fue coautor de un artículo que llegaba a la misma conclusión: que, dados los datos entonces disponibles, RaTG13 era el aparente ancestro directo:
" El propio SARS-CoV-2 no es un recombinante de ningún sarbecovirus detectado hasta la fecha".
Así que, en ese momento, la descendencia directa del SARS-CoV-2 a partir del RaTG13 era la opinión habitual y más ponderada. Incluso el propio Rambaut lo sostenía.
Pero hay un fallo lógico más importante en los tuits de Rambaut. Es su insinuación de que la cuestión de la descendencia directa o indirecta es incluso importante. Los elementos clave de la teoría de la MMP son que 1) los mineros se infectaron con coronavirus de murciélago detectados en la mina y 2) que un coronavirus humanizado evolucionó dentro de ellos y fue trasladado a Wuhan en las muestras médicas tomadas de ellos. Por lo tanto, si hubiéramos formulado una hipótesis incorrecta sobre el aislamiento de coronavirus que infectó a los mineros, no importaría, ya que ese error no refutaría la teoría en sí. La crítica a la "descendencia directa" de Rambaut es, pues, doblemente errónea. Es errónea e irrelevante.
Sin embargo, Rambaut es un cinturón negro en evolución vírica. La filogenética es su profesión a tiempo completo. Incluso inventa el software con el que se realiza. En consecuencia, parecía poco probable que ignorara por completo sus errores. Así que me pareció importante presionarle. ¿Quizás, si se le empujaba, haría una crítica válida de la MMP? ¿O tal vez cometería más errores reveladores? Y, si realmente tenía críticas sólidas, podríamos mejorar o descartar nuestra teoría según fuera el caso.
Si, por el contrario, no tuviera ninguna, entonces Andrew Rambaut, el refutador posiblemente mejor informado y más respetado de las teorías del origen de las filtraciones de laboratorio, quedaría expuesto. Un científico de primera línea expuesto como incapaz de fundamentar sus simplistas descalificaciones en línea. Del mismo modo, su repetida ignorancia de las teorías plausibles de las filtraciones de laboratorio en documentos de alto perfil como la reciente "revisión crítica" de los orígenes de COVID-19 sería injustificable (Holmes et al., 2021). Sería culpable de muy mala fe.
Andrew Rambaut introduce un segundo hombre de paja
Como primer paso, contestamos rápidamente en Twitter:
“El Dr. @arambaut está siendo demasiado literal. Estamos de acuerdo, pero en ese momento RaTG13 estuvo presente en todo el genoma. 1,3 años después hay que tener en cuenta RMYN02 y RpYN06 y BANAL-52, etc., según Temmam et al. Pero esto no es más que un rompecabezas en la teoría del la #MMP que para establecer un origen zoonótico”.
"No importa lo rápidamente que haya evolucionado, no se puede pasar de uno de estos virus de murciélago al SARS-CoV-2 por descendencia directa, transmisión, infecciones crónicas o cualquier otra cosa, por filogenética. Véase para más detalles twter.com/arambaut/statu... ".
El tuit era principalmente para indicar lo que considerábamos su principal error, pero la referencia a Temmam et al era también una señal de que conocíamos la base de las evidencias, incluidos los descubrimientos más recientes de Laos.
Unos minutos más tarde, Rambaut respondió con un argumento algo diferente:
“No importa cuál de ellas elijas (o cualquier otra similar), tienes que desandar las mutaciones hasta llegar a los ancestros comunes. No es un rompecabezas - simplemente no es así”.
Sin embargo, también se trata de un subterfugio. Lo que Rambaut está diciendo aquí es que incluso si uno considera los otros virus en el clado nCoV, ninguno de ellos es un verdadero ancestro del SARS-CoV-2. Así que Rambaut estaba aceptando al menos que no defendíamos la descendencia directa del RaTG13. En cambio, estaba pasando a una línea de ataque diferente, que el "SC2" (SARS-CoV-2) no puede haber sido generado ni siquiera a partir de una "combinación de virus que conocemos".
Para entender la plausibilidad del nuevo punto de Rambaut, es útil considerar las sutilezas de la redacción específica que Temmam et al. utilizaron para describir su propia historia evolutiva propuesta del SARS-CoV-2. Su redacción es un poco extraña, pero con un propósito.
Escribieron (nótese que R. malayanus, R. pusillus y R. affinis son las especies de murciélagos rinolófidos en las que se encontraron estos virus):
"El SARS-CoV-2 presenta un genoma en mosaico, al que contribuyeron más de cinco secuencias cercanas a las secuencias publicadas o determinadas durante este estudio: Los virus R. malayanus RmYN02 y R. pusillus RpYN06 encontrados en China en 2019, el coronavirus R. affinis RaTG13 encontrado en China en 2013, y R. malayanus BANAL-52 y R. pusillus BANAL- 103 encontrados en el norte de Laos en 2020 (este estudio)." (Temmam et al., 2022)
El pasaje afirma que el SARS-CoV-2 es un mosaico, pero también que no es simplemente un mosaico de los virus que conocemos. La razón para hacer esta distinción es que los virus exactos que conocemos probablemente no existían en el momento del brote o cuando se produjeron los diversos eventos de recombinación que condujeron al SARS-CoV-2. Por eso Temmam et al. añadieron cuidadosamente la advertencia "cerca de", para evitar que alguien confundiera su sugerencia de mosaico con un escenario simplista del tipo cortar y pegar.
Así que, como apunte didáctico, es válido que Rambaut señale que el SARS-CoV-2 no puede ser un simple mosaico de cortar y pegar. Pero nadie con un conocimiento siquiera moderado de la evolución de los virus está "imaginando" esto. Desde luego, nosotros no. Una vez más, Rambaut ha apuntado a un hombre de paja. Una vez más también, Rambaut toma la opción ad hominem: imputar nuestra ingenuidad.
En su siguiente jugada, Rambaut volvió a cambiar de táctica. Propuso que no es necesaria la teoría de la MMP:
“No hay ningún misterio evolutivo que deba ser explicado mediante un minero crónicamente infectado o cualquier otro mecanismo”.
Aquí, volvemos a discrepar. La primera parte de mi respuesta señala que, incluso aparte del origen de la espina dorsal del virus, hay múltiples misterios en curso relacionados con el origen del SARS-CoV-2 que la teoría de la MMP puede resolver:
“Gracias por no descartar a los mineros. Tal vez estemos acercándonos. Creemos que aún quedan 5 misterios: 1) cómo llegó el #SARS a Wuhan 2) el FCS 3) la adaptabilidad humana en general 4)la propagación única 5) la preferencia por los pulmones. @Ayjcham @jbloom_lab @BallouxFrancois @TheSeeker268”.
(FCS es la abreviatura de Furin Cleavage Site. Este es el sitio de escisión de esta proteína, crucial para la infección humana y cuya sorprendente presencia en el SARS-CoV-2 ha hecho que el grupo Fauci, David Baltimore y muchos otros duden de su origen natural).
Sin embargo, el tema principal de nuestro intercambio era la procedencia de la columna vertebral del SARS-CoV-2; y, al decir que "no había necesidad" de la teoría de la MMP, parecía que había una verdadera diferencia importante entre nosotros.
Cuando formulamos inicialmente la teoría de la MMP, la brecha genética entre el SARS-CoV-2 y su pariente más cercano conocido (en ese momento RaTG13) era de 1140 nucleótidos (3,8% del genoma del SARS-CoV-2). Si, en consonancia con Temmam et al., suponemos que el SARS-CoV-2 es un mosaico de virus cercanos a BANAL-52, BANAL-103, RaTG13, RmYN02 y RpYN06, entonces la brecha genética del SARS-CoV-2 con sus parientes silvestres se ha reducido a unos 800 nucleótidos de diferencia (es decir, el 2,4% del genoma del SARS-CoV-2).
No toda esta diferencia tuvo que evolucionar en los mineros. Es normal, cuando se piensa en la evolución a este nivel de detalle, asumir la existencia de una entidad, en este caso un virus, conocida como Ancestro Común Más Reciente (ACM). Por ejemplo, ningún evolucionista supone que los seres humanos desciendan directamente de los chimpancés o los gorilas (ni viceversa); más bien, evolucionamos a partir de una hipotética especie predecesora que tal vez se parezca a los humanos y a los chimpancés por igual. Este predecesor es el MRCA de los chimpancés y los humanos. Un MRCA implica que, de las diferencias de nucleótidos entre chimpancés y humanos, algunas se acumularon a medida que el MRCA evolucionaba hacia el chimpancé y el resto se acumuló durante la transición entre el MRCA y los humanos. En igualdad de condiciones, la mitad de las mutaciones por las que se diferencian dos especies cualesquiera se encontrarán en cada rama que parte del MRCA.
Si la teoría de la MMP es cierta, el punto de bifurcación probablemente se produjo en la infección de los mineros o antes. Por tanto, es probable que en los mineros se produjeran unas 400 mutaciones de nucleótidos (la mitad de 800). En principio, el mismo lapso podría haberse producido también durante el paso en animales de laboratorio y cultivos celulares o, como prefiere Rambaut, como parte de una zoonosis natural. Sea como fuere, no está claro por qué 400 nucleótidos, que suponen más del 1% del genoma del virus, no deberían considerarse una brecha evolutiva considerable que hay que cubrir.
Nuestro intercambio en Twitter continuó un tiempo más. Se puede ver en su totalidad aquí; (se podía, hasta que Andrew Rambaut borró su cuenta); pero el hecho esencial es que Andrew Rambaut nunca proporcionó una refutación clara o sustantiva de la teoría MMP.
A pesar de todas sus maniobras filogenéticas y su lenguaje agresivo, sólo disparó balas de fogueo y sus objetivos eran hombres de paja y pistas falsas.
Dada su experiencia como gran conocedor de la evolución de los coronavirus, esta ausencia de argumento sustantivo es enormemente significativa. Al parecer, Andrew Rambaut, miembro fundador del grupo interno de Fauci y prolífico autor de análisis de alto nivel que concluyen que el COVID-19 tiene un origen natural, no conoce ningún argumento científico o biológico decisivo contra la teoría de la MMP. Sin embargo, está dispuesto a denunciarla en voz alta con argumentos falsos.
Otras críticas a la teoría MMP
Sin embargo, la importancia final de todo esto para la teoría de la MMP depende también de que no haya otros argumentos científicos que la refuten, unos que quizás estén fuera de la experiencia de Rambaut. Hay dos objeciones potenciales de este tipo.
El primero es la afirmación del WIV de que nunca se detectó ningún coronavirus en las muestras de suero de los mineros, una afirmación que se hizo por primera vez en el apéndice de Zhou P. et al., (2020). La segunda afirmación es que los mineros tenían una infección por hongos. Un examen minucioso de ambas afirmaciones muestra que también son muy deficientes.
En el caso de la propuesta de infección por hongos, primero está el hecho de que la afirmación de una infección por hongos (al menos en inglés) nunca ha sido hecha directamente por Zheng-li Shi del WIV o cualquier otra persona con conocimiento de causa. En cambio, la afirmación fue hecha inicialmente en su nombre por la periodista Jane Qiu, que entrevistó a Zheng-li Shi para Scientific American. Esta circunstancia indirecta no importaría si se ofrecieran pruebas científicas reales en su apoyo, pero nunca lo han hecho. El lugar obvio para proporcionar este apoyo era el apéndice de Zhou mencionado anteriormente, pero los científicos de WIV no proporcionaron ninguno.
En cuanto a qué virus se detectó, si es que se detectó alguno, en las muestras tomadas a los mineros, la Dra. Shi y sus coautores sólo han hecho una afirmación por escrito, que se encuentra en ese apéndice. Las afirmaciones que contiene son críticas, ya que se han tomado ampliamente como una refutación de la teoría de la MMP.
Sin embargo, una lectura cuidadosa del apéndice no revela ninguna negación directa de que se haya encontrado un coronavirus. Por el contrario, el apéndice se limita a afirmar que los resultados de las pruebas específicas en muestras específicas dieron resultados negativos. De este modo, se elude la cuestión central de si los mineros estaban infectados por un nuevo coronavirus. Además, en contra de todas las normas científicas, no se describen los métodos utilizados para las pruebas experimentales que se realizaron con las muestras de los mineros ni se muestran sus resultados.
Es pertinente y legítimo plantear esta cuestión porque los científicos del WIV tienen un historial de omisión de información científica crucial. En su primera publicación sobre el SARS-CoV-2 (Zhou P. et al., 2020), el grupo de Zheng-li Shi no mencionó que el RaTG13 se había obtenido en el lugar de un brote de la enfermedad (es decir, la mina de Mojiang) y los autores también dieron a entender, falsamente, que el RaTG13 acababa de ser secuenciado y estudiado. En el mismo artículo, tampoco señalaron la presencia de un sitio de escisión de la furina en el SARS-CoV-2. Esta omisión ya se había observado antes, pero ahora parece mucho más extraña, a la luz de su propia propuesta de subvención de DARPA (publicada recientemente) para añadir sitios de escisión de la furina a los coronavirus salvajes. Estos tres hechos, si se hubieran revelado en su momento, sin duda habrían transformado los primeros debates sobre el origen de COVID-19.
El carácter indirecto de la advertencia es una cuestión crucial. Como hemos informado anteriormente, otras tres fuentes científicas, cuya veracidad no se pone en duda (la tesis de máster de Li Xu, la tesis de doctorado de Canping Huang y George Gao, jefe del CDC de China), afirman que las pruebas realizadas en el WIV sí encontraron pruebas de una infección por coronavirus en las muestras de los mineros.
Muy recientemente, la misma Jane Qiu ha afirmado, en nombre de la Dra. Shi, que las conclusiones discrepantes se debieron a resultados falsos positivos. También en este caso, se aplican idénticas advertencias; no se cita directamente a la Dra. Shi y no se presentan pruebas científicas de las afirmaciones. Por ejemplo, ¿cómo se llegó a la conclusión de que estos resultados eran falsos positivos? ¿No se pueden compartir los datos o las muestras? Si no había indicios de infección por coronavirus en los mineros, ¿por qué tantos equipos de virólogos, especialmente de investigadores de coronavirus, tomaron muestras de la mina, especialmente de sus murciélagos, de forma tan intensa y durante muchos años consecutivos?
Estas y otras muchas preguntas siguen en pie, poniendo en duda casi todos los aspectos del relato del WIV sobre el brote de la mina.
En definitiva, en los dieciocho meses transcurridos desde que la propusimos por primera vez, literalmente nadie ha conseguido encontrar una razón clara o sustantiva para descartar la teoría de la propagación desde los mineros de Mojiang. Incluso las críticas más fuertes que se le hacen son, en el mejor de los casos, infundadas. El resto son ad hominems o irrelevantes.
En cambio, todas las pruebas que han surgido posteriormente son coherentes con la teoría de que el SRAS-CoV-2 evolucionó en los mineros o la han reforzado.
Por ejemplo, la teoría de la MMP implica un contagio de los murciélagos a los humanos sin ningún animal intermedio. Por este motivo, cabe destacar que todavía no se ha identificado ningún huésped intermedio mamífero. Lo que sí se ha encontrado son virus del norte de Laos que están altamente relacionados con el SARS-CoV-2 en el dominio de unión al receptor de la proteína de espiga y que también infectan células humanas con alta eficiencia. Esto demuestra la existencia de proteínas espiga de origen natural -no muy lejos de la mina- que son capaces de saltar directamente a los humanos; y un salto directo a las células humanas es en lo que se basa la teoría de la MMP.
Por lo tanto, la teoría de la MMP sigue siendo totalmente viable. No sólo es totalmente plausible, sino que es la explicación más sencilla de las principales tareas de toda teoría sobre el origen del COVID, que consisten en explicar un único salto, en Wuhan, de un coronavirus relacionado con el SARS altamente adaptado a los humanos a 1.700 km de su hogar natural.
Como hemos demostrado recientemente, esta situación no cambia en absoluto por dos artículos recientes que fueron interpretados de forma amplia pero incorrecta en los medios de comunicación como una confirmación de que el mercado de Huanan fue el lugar de varios brotes naturales de un huésped desconocido (Pekar et al., 2022; Worobey et al., 2022).
¿Y quiénes son los autores principales de estos dos trabajos (Pekar et al., 2022 y Worobey et al., 2022) que, una vez más, intentan meter con calzador datos que no encajan en una teoría zoonótica? No debería sorprender que los autores principales de Worobey sean Holmes, Garry, Andersen y Rambaut, todos ellos miembros del grupo original de Fauci, y que Pekar et al. esté escrito por estos cuatro, además de Michael Worobey y Joel Wertheim.
Más de dos años después de que el SARS-CoV-2 apareciera por primera vez en Wuhan, podemos percibir que el intragrupo de origen COVID de Fauci realmente se ha convertido en un equipo S.W.A.T, en este último caso luchando contra todas las teorías de origen en el laboratorio (véase también Harrison y Sachs, 2022).
Referencias:
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