Procesos evolutivos no naturales de las variantes del SARS-CoV-2 y la posibilidad de selección natural intencionada
Por Atsushi Tanaka y Takayuki Miyazawa, 15 de agosto de 2023
En los últimos tres años, el coronavirus 2 del síndrome respiratorio agudo severo (SARS-CoV-2) ha causado pandemias en repetidas ocasiones, generando diversas variantes mutadas que van desde Alfa hasta Ómicron. En este estudio, nos propusimos aclarar los procesos evolutivos que conducen a la formación de las variantes Omicrón del SARS-CoV-2, centrándonos en las variantes Omicrón con muchas mutaciones de aminoácidos en la proteína de espiga entre los aislados del SARS-CoV-2. Para determinar el orden de las mutaciones que conducen a la formación de las variantes Ómicron del SRAS-CoV-2, comparamos las secuencias de 129 aislados Ómicron BA.1, 141 BA.1.1 y 122 BA.2, e intentamos aclarar los procesos evolutivos de las variantes Ómicron del SRAS-CoV-2, incluido el orden de las mutaciones que conducen a su formación y la recombinación homóloga.
Como resultado, llegamos a la conclusión de que la formación de una parte de los aislados Ómicron BA.1, BA.1.1 y BA.2 no era producto de la evolución del genoma, como suele observarse en la naturaleza, como la acumulación de mutaciones y recombinaciones homólogas. Además, el estudio de 35 aislados recombinantes de las variantes BA.1 y BA.2 de Omicron confirmó que las variantes Ómicron ya estaban presentes en 2020. El análisis demostró que las variantes Ómicron se formaron por un mecanismo totalmente nuevo que no puede explicarse por otros mecanismos biológicos anteriores, y saber cómo se formaron las variantes del SARS-CoV-2 obliga a reconsiderar la pandemia de SARS-CoV-2.
Introducción
COVID-19, la enfermedad por coronavirus 2019, causada por el coronavirus 2 del síndrome respiratorio agudo severo (SARS34 CoV-2), se notificó por primera vez en diciembre de 2019 en Wuhan, China (1). Esta enfermedad infecciosa emergente se extendió de una forma tan rápida, de la que no existen precedentes, propagándose por todo el mundo, lo que llevó a la Organización Mundial de la Salud (OMS) a declarar una pandemia de COVID-19 el 11 de marzo de 2020 (https://www.who.int/). El SARS-CoV-2, perteneciente al subgrupo B de betacoronavirus, tiene un genoma de ARN monocatenario de sentido positivo que codifica para diez genes, produciendo en última instancia 26 proteínas según una anotación de NCBI Reference Sequence: NC_045512.2. El tamaño de su genoma varía entre 29,8 y 29,9 kb. Consta de cuatro proteínas estructurales: espiga (S), envoltura (E) membrana (M) y nucleocápside (N) (2, 3). En las proteínas estructurales, la proteína de espiga (S) como glicoproteína de superficie es la proteína más grande, de aproximadamente 180 kDa, y consta de dos subunidades, S1 y S2. Esta interviene en la fusión de las membranas y, en última instancia, facilita la entrada del virus. El dominio de unión al receptor (RBD) (aminoácidos 319-541) de la subunidad S1 interactúa con la enzima convertidora de angiotensina 2 (ACE2), uniéndose a su dominio peptidasa (4, 5).
Durante los tres años comprendidos entre 2019 y 2022, el SARS-CoV-2 se volvió a intensificar con nuevas variantes que surgieron a lo largo de varios meses en diversas regiones geográficas y se diseminaron por todo el mundo, para inducir la pandemia repetidamente.
En la fase inicial de la primera pandemia, la mutación más impactante del SARS-CoV-2 fue la mutación no sinónima D614G en la proteína de espiga. Esta mutación, que no estaba presente en el linaje ancestral que causó el brote de Wuhan, se convirtió rápidamente en dominante en todo el mundo (6). Poco después, la variante de interés, B.1.1.7 : 20I (Alpha, V1), del linaje B.1.1.7 (clado 501.YV1), o Alpha, caracterizada por 17 mutaciones únicas que contienen diez diferencias de aminoácidos en la proteína de espiga, se detectó por primera vez en el sureste de Inglaterra a finales de septiembre de 2020 (7) y se expandió rápidamente por todo el Reino Unido para convertirse en predominante durante principios de 2021, extendiéndose a la mayoría de los países europeos con un éxito similar. En noviembre de 2021, la transmisión local de este linaje se había detectado en 175 países (8). Poco después, la aparición de cepas variantes de SARS-CoV-2 Alpha, variantes B.1.351 : 20H (Beta, V2), se identificó en octubre de 2020, que se detectó por primera vez en la provincia de Eastern Cape de Sudáfrica a partir de especímenes recogidos a principios de agosto. Esta variante Beta se propagó por Sudáfrica y se consideró que había desplazado a los otros linajes de SARS-CoV-2 que circulaban allí (9). Posteriormente, la variante P.1: 20J (Gamma, V3) se identificó en Brasil en diciembre de 2020, y se cree que evolucionó en Brasil. Las autoridades sanitarias de Japón lo comunicaron públicamente por primera vez el 10 de enero de 2021, tras identificar la variante Gamma en cuatro viajeros brasileños en el aeropuerto de Haneda en Tokio, Japón (10).
Aproximadamente al mismo tiempo, la variante Delta (designación de linaje Pango B.1.617.2), que se detectó por primera vez en India en febrero de 2021, y la variante Mu, también conocida como linaje B.1.621, detectada por primera vez en Colombia en enero de 2021 (11, 12).
Casi un año después, en relación con estas apariciones de variantes preocupantes, Ómicron (asignación filogenética del brote mundial denominado (Pango) linaje B.1.1.529; BA.1, Nextstrain clade 21K) fue una variante de SARS-CoV-2 notificada por primera vez a la OMS por la Red de Vigilancia Genómica de Sudáfrica el 24 de noviembre de 2021 (13, 14) con más de 50 cambios de aminoácidos en comparación con la primera cepa notificada Wuhan Hu-H1 (NCBI Reference Sequence: NC_045512.2.), y 39 de estas diferencias de aminoácidos se observaron en la proteína de espiga. Esta variante se detectó por primera vez en Botsuana y se convirtió en la variante circulante predominante en todo el mundo (15).
En los Estados Unidos, el Departamento de Salud Pública de San Francisco confirmó que un caso de COVID-19 entre individuos en California fue causado por la variante Ómicron BA.1, transportada por un viajero que regresó de Sudáfrica el 22 de noviembre de 2021 (https://www.cdc.gov/media/releases/2021/s1201-Omicron-variant.html). Entonces el primer sublinaje Ómicron BA.1 se expandió rápidamente y reemplazó a la variante Delta (16).
Menos de dos semanas después, la variante Omicron BA.1, linaje BA.2, que muestra 31 aminoácidos en la proteína de espiga en comparación con la Wuhan-Hu-H1, fue identificada inicialmente en Dinamarca el 5 de diciembre de 2021 (17). El 22 de febrero de 2022, la OMS mencionó el linaje Ómicron BA.2 (https://www.who.int/news/item/22-02-2022-statement-on-Omicron-sublineage-ba.2), por lo que esta variante era actualmente la variante dominante que circulaba a nivel mundial, sustituyendo a la variante Delta (Pango designación del linaje B.1.617.2) (https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/2022-01-07-global technical-brief-and-priority-action-on-Omicron---corr2.pdf?sfvrsn=918b09d_20), representando casi todas las secuencias notificadas al GISAID. Luego, a partir del 16 de marzo de 2023, la OMS declaró que las variantes Ómicron representaban más del 98% de las secuencias virales disponibles públicamente después de febrero de 2022 (https://www.who.int/news/item/16-03-2023-statement-on-the-update-of-who-s-working-definitions-and-tracking-system-for-SARS-CoV-2-variants-of-concern-and-variants-of-interest).
Se sugirió que las variantes BA.1 y BA.2 de Ómicron se expandieron y divergieron entre octubre y diciembre, respectivamente. Se estimó que estos mutantes divergieron de un ancestro común alrededor de febrero a marzo de 2021 (18). Dado que las variantes BA.1 y BA.2 de Ómicron comparten una mutación común de 14 aminoácidos en la proteína de espiga, es posible que el ancestro común de las variantes BA.1 y BA.2 de Ómicron ya hubiera adquirido la mutación de 14 aminoácidos en la región de la proteína de espiga entre febrero y marzo de 2021; sin embargo, no se ha encontrado ninguna cepa ancestral común en las bases de datos internacionales, y las cepas pueden haber adquirido sus mutaciones por diferentes vías.
En este estudio, intentamos aclarar los procesos evolutivos de la variante Ómicron, que tiene el doble de mutaciones aminoacídicas en la proteína de espiga, examinando el orden jerárquico de estas mutaciones.
Resultados
Se considera que cada variante ha surgido a través de una vía evolutiva independiente a partir de aislados con la mutación D614G en la proteína S. En cuanto a la variación genética en la proteína S de estas variantes, la mayoría de las mutaciones no eran sinónimas (Fig. 1). No hubo mutaciones sinónimas en las variantes Alfa, Beta, Gamma, Delta o Mu, pero sólo una en las variantes Lambda y Ómicron. Entre estas variantes, la variante Ómicron (linaje BA.1), que muestra la mayor acumulación de mutaciones en la proteína S, es principalmente no sinónima en la proteína S y sólo tiene una mutación sinónima, en c25000u. La relación sinónimo/no sinónimo es anormal, teniendo en cuenta cómo han mutado los coronavirus humanos (Ver Figura suplementaria 1).
En un primer momento, consideramos la existencia del aislado de SARS-CoV-2, cuya secuencia de aminoácidos en la proteína S contiene los subconjuntos de mutación de tipo Omicron-BA.1-, pero una posición de mutación no estaba mutada y comprendía la secuencia original de aminoácidos de tipo Wuhan. Designamos estos aislados como BA.1-01. Cada secuencia de aminoácidos de la región de la proteína S se denominó BA.1-0.1_S: aminoácidos del tipo Omicron-BA.1 (Oaa) y del tipo Wuhan (Waa) y su número de posición (XXX) (Ej., BA.1-0.1_S:OaaXXXWaa), como se describe en Métodos.
A continuación, se buscaron los aislados putativos con BA.1-0.1_S:OaaXXXWaa utilizando el programa BLAST basado en sus secuencias de aminoácidos. En esta búsqueda, obtuvimos los aislados cuyas identidades mostraban un 100% de la secuencia de aminoácidos de consulta, excepto para SARS-CoV-2_human_USA_NYPV 55373_2022(GenBank: ON246090.1), cuya identidad era del 99,92%.
Sorprendentemente, encontramos que los aislados Omicron BA.1-0.1 fueron detectados en todos los sitios de mutación excepto N501Y (Fig.2A). En el linaje BA.1 de la variante Omicron, hay aislados Omicron (BA.1.1) con la mutación R346K observada en la variante Mu(m) (denominada B.1.621), es decir, BA.1_S puede definirse como BA.1.1_S:K346R. También realizamos una búsqueda BLAST de aislados con secuencias de aminoácidos de BA.1-0.1.1_S:OaaXXXWaa, como se describe en Métodos. Como resultado, se detectaron aislados Omicron BA.1.1-subset-0.1 en todos los sitios de mutación excepto S373P (Fig. 2B). De forma similar al linaje BA.1 de la variante Omicron, en el linaje BA.2 de la variante Ómicron se encontraron aislados de BA.2-0.1 en todos los sitios de mutación excepto T478K y P681H en la proteína S ( Figura suplementaria 2).
Se ha informado de que dos variantes diferentes se infectaron en una sola célula mientras se establecían diversas variantes del CoV-2 del SRAS137 , lo que provocó una recombinación homóloga en el proceso de síntesis del ARN vírico, dando lugar a múltiples variantes. Al considerar que la recombinación homóloga causó los aislamientos mostrados en la Fig. 2, algunos de los puntos de rotura en los que se producen cambios de cadena por recombinación homóloga son demasiado cortos (1nt, 2nt, 3nt, etc.) (Fig. 3 y Figura suplementaria 3). Por lo tanto, no es razonable emplear la recombinación homóloga como base para establecer estos aislados. Además, la mayoría de estos aislados se encontraron en los EE.UU. entre 2021 y 2022. Sin embargo, teniendo en cuenta que la variante más prevalente en los EE.UU. en agosto de 2021 fue la variante Delta, es muy poco probable que no haya sido la que no causara mutaciones como T478K y D614G, que ya eran prevalentes. Es inconcebible que las variantes más antiguas (como T478K y D614G), que ya no eran prevalentes, estuvieran lo suficientemente presentes como para causar sobreinfección y participar en la recombinación homóloga.
Esta consideración se ve respaldada por el hecho de que todos estos aislados BA.1-0.1 y BA.1.1-0.1 conservaron la secuencia del linaje BA.1 en todas las regiones excepto en la proteína S (Fig. 4). Además, el hecho de que todas estas cepas BA.1-0.1 y BA.1.1- 0,1 mantuvieran la secuencia de la cepa BA.1 de Ómicron, excepto en la proteína S, también hace que no sea razonable considerar que estos aislados surgieron por recombinación homóloga con un tipo de mutante más antiguo sin las mutaciones T478K o D614G (Fig. 4).
Además, algunos de los aislados BA.1 y BA.1-0.1 presentan subconjuntos de mutaciones (sinónimo: u10135c, ORF3: L106F, N: D343G) con anterioridad y posterioridad al gen S, y las mutaciones u10135c y L106F (ORF3) se corresponden perfectamente. Por lo tanto, se considera que la recombinación homóloga entre la variante BA.1 y variantes sin estas mutaciones no se produjo durante los procesos de formación de los mutantes (Fig. 4). La mutación sinónima mutación c2470u se produjo en BA.1.1 en comparación con BA.1, y esta mutación c2470u fue retenida por la mayoría, excluyendo unos pocos aislados BA.1.1-0.1 (SARS-CoV-2_human_USA_IL-CDC-ASC210695497_2022：GenBank: OM770362.1; SARS-CoV-2_human_USA_NY-CDC-LC0450936_2021: GenBank: OM228453.1).
La mutación sinónima c2470u sólo se ha observado en un número mínimo de aislados BA.1-0.1( SARS-CoV-2_human_USA_OR-CDC-LC0470830_2022: GenBank: OM367679.1; SARS-CoV 2_human_USA_ID-CDC-LC0481844_2022: GenBank:OM409228.1;SARS-CoV-2_human_USA_MI-CDC ASC210597972_2022: GenBank:OM396816.1; SARS-CoV-2_human_USA_WI-CDC-LC0494047_2022:GenBank: OM500517.1).
Estos resultados sugieren que el establecimiento de los aislados BA.1-0.1 y BA.1.1-0.1 se produjeron de forma independiente. Por otra parte, si las mutaciones de reversión causaron cada uno de estos aislados con un aminoácido ácido diferente al tipo Wuhan, estos aislados podrían detectarse examinando un enorme número asombroso de ellos. Sin embargo, estas cepas de virus se detectaron en el número de genomas completos secuenciados (un número limitado), y no en número ingente de genomas aislados. El hecho de que la mayoría de estas mutaciones se produjeran sin mutaciones sinónimas (Fig. 2) sugiere que ninguna de ellas surgió como resultado de mutaciones aleatorias de ensayo y error en la naturaleza. Se detectan pocas mutaciones sinónimas en algunos aislados BA.1-0.1, BA.1.1-0.1 y BA.2-0.1 (Fig. 2 y Figura suplementaria 2), como se observa en otros virus (Figura suplementaria 1). La c25000u es la única mutación sinónima que no se produjo hasta que se formaron los aislados BA.1, BA.1.1, BA.2, BA.1-0.1 BA.1.1-0.1, y BA.2-0.1 y no se observó en variantes anteriores como alfa, beta, gamma, delta, etc. No obstante resulta curiosa la aparición de mutantes con mutaciones sinónimas como c22120u, c24034u, c23635u c24448u, c21811u, a23884g, c22987u, c23609a, c23413u, c23896u, c22879u, u24097a, c23893u, c24442u, u24847c, c24382u, c22264u, c22879u, c22480u, u21976c, c22480u, g24577a y u23101c en BA.1.1, BA.1- 0.1, y BA.1.1-0.1 (Fig. 2 Otros sinónimos), y a22948g, c23635u, c21859u, c22945u, c23701u, c22987u, a24433g, c23347u, u24640c, a24619g, c24865u, a23989g, u23047c, u24346c, c21811u, c21952u, a22753u, c23635u, c24023u, c24382u y c22572u en los aislados BA.2-0.1 (Figura suplementaria 2 Sinónimos Otros) tras la formación de mutantes con estos subconjuntos.
Si dos variantes víricas diferentes infectan una sola célula simultáneamente en el proceso de establecimiento de diversas variantes del CoV-2 del SRAS, y si se produce recombinación homóloga durante la síntesis de ARN vírico entre la variante Ómicron linaje BA.1 y el linaje BA.2, se espera que haya variantes causadas por recombinación homóloga entre el linaje BA.1 y el linaje BA.2.
Por lo tanto, también realizamos búsquedas BLAST de aislados con subconjuntos de aminoácidos mutantes de las cepas Ómicron variante BA.1 y BA.2. Detectamos aislados recombinantes de los linajes BA.1 y BA.2 de Omicron.
Sorprendentemente, los linajes recombinantes Omicron BA.1 y BA.2, SARS-CoV 2/human/PRI/PR-PR-UPRRP- 582/2020 (GenBank: ON928946.1), ya estaban presentes en Puerto Rico en 2020. Ómicron (B.1.1.529) es una variante del SARS-CoV-2 notificada por primera vez a la OMS por la Red de Vigilancia Genómica de Sudáfrica el 24 de noviembre de 2021 (GenBank: ON9289.1) (13, 14). Se detectó por primera vez en Botsuana y se propagó hasta convertirse en la variante predominante en circulación en todo el mundo (15). Tras la aparición de la variante original B.1.1.529, surgieron varias subvariantes de Omicron, incluidas BA.1, BA.2, BA.3, BA.4 y BA.5 (19). Después de octubre de 2022, aparecieron dos subvariantes de BA.5 llamadas BQ.1 y BQ.1.1.
Entonces surgió la pregunta de por qué una cepa recombinante, SARS-CoV-2/human/PRI/PR-UPRRP-582/2020 (GenBank: ON928946.1), ya existía en 2020. Buscamos aislados de SARS-CoV-2 prevalentes en Puerto Rico utilizando las palabras clave "PRI", "PR-UPRRP" y "2020". En consecuencia, encontramos 29 secuencias asociadas a Omicron en los 127 resultados obtenidos (Fig. 5B). Estos resultados sugieren que las variantes de SARS-CoV-2 que llevan las secuencias de aminoácidos de la proteína S son idénticas a las variantes Ómicron BA.1 y Ómicron BA.2, que ya eran prevalentes en Puerto Rico en 2020, con 15 aislados mostrando el subconjunto completo Omicron BA.1+ R346K_mut (BA1.1), y 14 aislados mostrando una sustitución sinónima de c21595u. Cuatro aislados tenían una secuencia de aminoácidos de la proteína S que coincidía perfectamente con la de Omicron BA2 (BA.2_S), cinco aislados eran Omicron BA.2-0.1 (BA.2- S:K440N) y cuatro aislados eran Omicron BA.2-0.1 (BA.2-S:K440N)+F79S, BA.2-0.1 (BA.2 S:K440N)+Q613H, BA.2-0.1 (BA.2-S:K440N)+212S+D215E y BA.2-0.1 (BA.2-S:K440N)+212S (Fig. 5B).
Debate
Se han propuesto varias hipótesis según las cuales el virus original del SRAS-CoV-2 fue el resultado de una fuga accidental en un laboratorio. Con los recientes avances en biotecnología, muchos virus, incluidos los coronavirus, han sido sintetizados artificialmente y utilizados en diversos experimentos (20-22). La generación artificial de virus mutantes en laboratorios y el estudio de fenotipos virales mediante la introducción de mutaciones se denomina "genética inversa", y es una técnica común en virología. Se ha afirmado que el SARS-CoV-2 debe haber sido generado artificialmente debido a la presencia antinatural de un codón (CGG) que codifica una arginina contigua en el sitio de corte de la furina del CoV-2 del SRAS. Esta afirmación ha sido refutada basándose en los siguientes hechos: 1) No hay ninguna razón lógica para que un virus modificado genéticamente utilice un sitio de escisión de furina tan poco óptimo; 2) El único estudio previo sobre la inserción artificial de sitios de escisión de furina en el límite S1/S2 de la proteína S del SARS-CoV-1 utilizando el sistema experimental del virus pseudotipo utilizó la secuencia óptima "RRSRR", que es diferente de la secuencia del sitio de escisión de furina, secuencia presente en el SARS-CoV-2; 3) No hay evidencia de estudios previos en el Instituto de Virología de Wuhan que hayan insertado artificialmente un sitio de escisión de furina completo en coronavirus; 4) Codones CGG no naturales adyacentes a arginina en el sitio de escisión de la furina son raros en los coronavirus, pero se observan con especial frecuencia en el CoV-1 del SARS, el CoV-2 del SARS y otros coronavirus humanos. Sin embargo, éstas son sólo declaraciones y no son lógicas.
Nadie ha explicado por qué un virus natural utilizaría un punto de corte de furina subóptimo. No se ha mencionado la posibilidad técnica de insertar artificialmente este punto de corte de furina o un codón CGG. La inserción de un sitio de corte furina polibásico en la proteína S hace imposible concluir si el SARS-CoV-2 es un virus natural o artificial.
A pesar de la acumulación de muchas mutaciones en la proteína S de los mutantes Ómicron, la mayoría de las mutaciones son no sinónimas, con sólo una mutación sinónima de c25000u, que es muy poco natural, lo que lleva a la hipótesis de que los mutantes Ómicron fueron sintetizados artificialmente. Los siguientes resultados presentados en este estudio pueden apoyar la hipótesis de que las variantes de Ómicron se sintetizaron artificialmente y no de forma naturales: 1) la presencia de aislados asociados a la variante Ómicron con un sitio de mutación del tipo Wuhan; 2) la ausencia casi total de mutaciones sinónimas en la proteína S en estos aislados; 3) la variante Ómicron, que debería haber sido notificada por primera vez a la OMS desde Sudáfrica el 24 de noviembre de 2021, ya era endémica en Puerto Rico en 2020, y había aislados que eran recombinantes entre las cepas Ómicron BA1 y BA2. Además, los aislados relacionados con la mutación de Ómicron (aislados BA.1-0.1, BA.1.1-0.1 y BA.2-0.1) con una mutación de tipo Wuhan en uno de los sitios de mutación. Algunos presentaban mutaciones sinónimas tras establecer los aislados relacionados con la mutación Ómicron (Fig. 2 y Figura suplementaria 2 Otros sinónimos). Es razonable suponer que los virus con las mutaciones de aminoácidos de reversión causadas por mutaciones no sinónimas en la proteína S fueron sintetizados artificialmente y luego adquirieron más mutaciones sinónimas en el entorno natural.
Suponiendo que los mutantes sintetizados artificialmente con sólo mutaciones no sinónimas se propagan globalmente, esto explicaría cómo los mutantes con mutaciones no sinónimas sin mutaciones sinónimas previas desarrollan mutaciones sinónimas en circunstancias naturales. Teniendo en cuenta la situación epidémica actual del SARS-CoV 2, es poco probable que estos virus surgieran espontáneamente. Basándonos en nuestros esfuerzos por explicar la formación de los aislados de SARS-CoV-2, se formaron por un mecanismo completamente nuevo que no puede explicarse por los mecanismos biológicos anteriormente conocidos.
Una idea: la hipótesis de que estos virus se generaron artificialmente, es más razonable que proponer un nuevo mecanismo de adquisición de mutaciones. Sin embargo, ¿hay alguna razón para crear artificialmente estos mutantes, que es poco probable que hayan ocurrido de forma natural, dada la actual epidemia de SARS-CoV-2?
Se sabe que la patogenicidad, la especificidad del hospedador, el tropismo celular y la inmunogenicidad de numerosos virus pueden ser alterados por la mutación de uno o varios aminoácidos de una proteína vírica de la envoltura vírica (proteína de la envoltura, proteína HA, proteína de espiga, etc.). Una sustitución de un solo aminoácido en la proteína HA de la gripe pandémica A (H1N1) de 2009 modificó su replicación y patogenicidad (23). En el virus Chikungunya, los cambios de un solo aminoácido en la glicoproteína E2 influyeron en la utilización del glicosaminoglicano para la unión a la célula diana en la glicoproteína E1, lo que afectó a la especificidad del mosquito vector y a su potencial epidémico (25). En coronavirus anteriores, como el MERS-CoV y el SARS-CoV-1, se ha demostrado que las mutaciones puntuales confieren resistencia a los anticuerpos neutralizantes (26-28).
Hay que tener en cuenta que la variante Omicron del SARS-CoV-2 y sus mutantes de reversión de un aminoácido se generaron artificial y sistemáticamente. En ese caso, deberíamos sospechar que las otras variantes (Alpha a Delta) también fueron virus generados artificialmente. De hecho, la falta de conclusiones hasta la fecha de que muchas de las diversas mutaciones observadas, especialmente en las primeras variantes, estén realmente asociadas con una mayor infección viral (29) apoya la hipótesis de que cada variante fue sintetizada artificialmente para identificar los aminoácidos de la proteína S responsables de la infectividad y la patogenicidad. La posibilidad de que el conjunto de mutantes se generara artificialmente para identificar aminoácidos de la proteína S implicados en la infectividad y la virulencia.
Los experimentos de genética inversa son una parte esencial de la investigación sobre virus, y es contrario a la investigación sobre virus considerar que los virus sintetizados artificialmente se propagaron deliberadamente por todo el mundo. Sin embargo, ahora que la genética inversa se ha vuelto común en la investigación de virus, creemos que no es científico discutir el proceso de mutación del SARS-CoV-2 sin excluir la posibilidad de virus sintetizados artificialmente.
Por último, nos gustaría añadir que, aunque los virus sintetizados artificialmente pueden haberse propagado, no estamos criticando la tecnología de genética inversa, ya que dicha tecnología ha permitido notables avances en virología. Además, nuestro análisis utilizó bases de datos con un número limitado de secuencias víricas, y no podemos negar la posibilidad de que se hayan registrado datos poco fiables debido a a problemas técnicos en la secuenciación o a otras cuestiones. Además, no concluimos que estos virus se sintetizaran y distribuyeran artificialmente con mala intención. Este estudio pretende señalar que el SARS-CoV-2 ha sufrido mutaciones impensables según los mecanismos convencionales de mutación de coronavirus y esperamos que la posibilidad de creación artificial se incluya en los debates serios sobre la aparición del SRAS-CoV-2.
No obstante, el análisis que hemos mostrado aquí concluye que las variantes Ómicron se formaron por un mecanismo completamente nuevo que no puede explicarse por los mecanismos convencionales de mutación de coronavirus.
El proceso de cómo se produjeron las mutaciones del SARS-CoV-2 debería llevar a reconsiderar la pandemia de SARS-CoV-2.
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Métodos y Referencias en el estudio de referencia: https://zenodo.org/record/8254894/files/Unnatural%20evolutionary%20processes%20of%20SARS-CoV-2%20variants%20Ver1.1.pdf?download=1
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